NeuronVisio

NeuronVisio se conectează cu NEURON folosind noua interfață Python NEURON.
Instalare:
Pentru a instala NeuronVisio trebuie să îndeplinească următoarele dependențele
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * vizual
& Nbsp; * matplotlib
Easy Install
Cel mai simplu mod de a obține neuronvisio este dacă aveți setuptools instalat:
easy_install neuronvisio
Fără setuptools, este încă destul de ușor. Descărcați fișierul neuronvisio.tgz de la pagina cheeseshop neuronvisio lui, untar acesta și a alerga:
python setup.py instalare
Documentation
Documentația este disponibil în dosarul doc sau on-line.
Quickstart
Acest cod este doar pentru a da o idee în modul de utilizare modul nrnvisio:
1. incendiu la o consolă ipython cu comutator pylab .:
& Nbsp; ipython -pylab # Dacă nu utilizați comutatorul nu veți vedea nici un grafic.
2. Importul modulul:
& Nbsp; de la neuronvisio.controls import Controls
& nbsp; de control = Controale ()
Când este pornit nrnvisio firul este lansat. In acest fir tot procesul de nrnvisio se va întâmpla fără blocarea consolei.
Ca un exemplu rapid codul de mai jos:
& Nbsp; 1. Creează o singură secțiune numită soma
& Nbsp; 2. Introduceți un canal Hodgkey-Huxley și o conductanță pasiv
& Nbsp; 3. Introduceți o alphaSynapse pentru a oferi o Stimul.
Un exemplu rapid poate fi următoarele ::
din Controale nrnvisio.controls de import
Controale = Controale () # Începând GUI
de la neuron import h # Obținerea HocInterpreter
soma = h.Section () # Crearea unui secțiune
soma.insert ("hh") # Introducerea unei canal HH
soma.insert ("pas") # introducerea unui conductanță pasiv
sin = h.AlphaSynapse (0,5, s = soma) de intrare # sinaptice
syn.onset = 0,5 # când la foc
syn.gmax = 0,05 # conductanta a sinapselor
syn.e = 0 # potențialul inversare
Mai multe exemplu în exemplul directorul arată modul de utilizare Neuronvisio cu model mai complex

Caracteristici :.

• 3D vizualizare a modelului cu posibilitatea de a schimba rulării
• Crearea de vectori pentru a înregistra orice variabile prezente în partea de
• integrare Pylab să complot direct rezultatul simulare
• Explorarea acest interval de timp a oricărei variabile între timp, folosind o scală cu coduri de culori
• GUI se execută în propriul său fir astfel încât este posibil să utilizați consola (ipython sugerat)

Cerințe :

• Python