Bioinformatics Benchmark System

Sistemul Benchmark Bioinformatica este o încercare de a construi un cadru rezonabil de testare, teste, iar datele, pentru a permite utilizatorilor finali și furnizorii pentru a sonda performanțele sistemelor lor.
Ceea ce încercăm să facem este de a crea un cadru pentru testare, și un set de teste care toți să descărcați și să utilizați pentru a sonda elementele specifice de performanță a sistemelor.
În plus, sursa de aceste teste sunt disponibile sub GPL, și sunt găzduite pe Bioinformatics.org și scalabilă Informatică LLC Ideea este de a permite utilizatorilor finali și consumatorilor, dezvoltatori de sisteme, și alții pentru a construi cu ușurință și de a folosi teste semnificative pentru motive de măsurare și reglare .
Joe Landman de la Scalable Informatica SRL a conceput ideea și a scris codurile originale. Cautam sugestii de referință de cod, teste, seturi de date, etc.
Testele initiale actuale sunt mai multe NCBI BLAST conduce, mai multe pârtii HMMer, și o varietate de alte persoane. Avem de gând să includă ClustalW, Tandem X!, Diferite chimie, dinamica, iar testele aferente, precum și multe altele.
Teste, cum ar fi LINPACK sau HPL, pur și simplu nu oferă indicatori de performanță semnificative sau modele predictive pentru informatică de înaltă performanță. Din păcate, nici nu o serie de teste mai recente și concentrat.
Aceasta este o problemă la fel de LINPACK și HPL testa în mod special efectuarea pe diverse operațiuni matrice, în cazul în care au modele de acces la memorie în mod eficient regulate, și operații matematice specifice.
Aceste coduri sunt cele mai utile pentru comparație codurile de operațiuni cu virgulă mobilă grele, și de trafic de memorie intercalate. Aceste coduri nu au fost proiectate pentru sisteme complete benchmarking, unde disc I / O, latenta de memorie, și de alți factori contribuie la problemele de performanță.
Cele mai bune teste sunt cele care sunt cele mai similare cu codurile va rula pe masina. Testele s-au ar trebui să fie aproximări rezonabile o executie reală a codului, folosind date reale. Posibil să aveți nevoie să-l micșora din nou, în scopul de a obține de ori realiste pe termen.
Tu ar trebui să aibă un subset rezonabil de dimensiuni date. Un singur test nu vă spun cât de cântare sistemul dvs., și unul dintre motivele pentru existența acestui test este în mod special pentru a vă permite pentru a testa performanțele în timp ce crește diverse aspecte ale volumului de activitate.
Tu rareori un sistem de repaus într-un cluster, asa ca ne-ar recomandăm să încercați să executați în cât mai realist un mediu de operare posibil. O linie de bază într-un sistem pasiv este bine, dar poate stabili așteptările dumneavoastră nejustificat.
top