capsidă este o platformă cuprinzătoare open source care integrează o conductă de calcul de înaltă performanță pentru identificarea secvenței patogen & nbsp; și caracterizare în genomul uman și transcriptomes, împreună cu o bază de date rezultate scalabil și o aplicație software user-friendly web-based pentru gestionarea, interogarea și vizualizarea rezultatelor.
Noțiuni de bază
Veți avea nevoie de o bază de date MongoDB, o 2.6+ instalare Python și Apache Tomcat 6+. Pentru mai multe detalii, citiți wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What este nou în acest comunicat:
- Corecții Mesaj de eroare atunci când rulează scădere și alinierea nu este găsit
- Mai multe de lucru privind stabilirea interogări de funcționare lungi
Ce este nou în versiunea 1.4.2:
- Elimină MongoKit dependență
Ce este nou în versiunea 1.4.1:
- Corecții cursorul timeout pentru lungi interogări statisticile de funcționare
Ce este nou în versiunea 1.4.0:
- statisticile adaugă în timp ce acestea sunt conduse mai degrabă decât toate la sfârșitul
- salvează ID unic pentru gene ca uid
Ce este nou în versiunea 1.2.7:
- Corecții README
Ce este nou în versiunea 1.2.6:
- Scăderea filtrează necartografiat atunci când construirea mapate citește
Ce este nou în versiunea 1.2:
- Utility pentru a crea fișiere FastQ de citește necartografiat
- Utility pentru a reveni la intersecția de fișiere FastQ
- Utility pentru a reveni fișierele filtru FastQ
- Adăugat mapq pavilion prag de scădere
- Gbloader posibilitatea de a încărca acum bacterii și fungi gene
- salvează secvențe genomice la baza de date folosind GridFS
- amprenta de memorie redus la calcularea statisticilor
- utilizare subprocese în loc de os.system
- înscris mapq trebuie să includă 0
Filtrul
Ce este nou în versiunea 1.1:
- adaugă suport pentru pereche-end citește
Ce este nou în versiunea 1.0.1:
- Adăugat suport pentru autentificare MongoDB
Cerințe :
- Python
Comentariile nu a fost găsit