CaPSID

Screenshot Software:
CaPSID
Detalii soft:
Versiune: 1.4.3
Incarca data: 20 Feb 15
Producător: Shane Wilson
Licenţă: Gratuit
Popularitate: 28

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

capsidă este o platformă cuprinzătoare open source care integrează o conductă de calcul de înaltă performanță pentru identificarea secvenței patogen & nbsp; și caracterizare în genomul uman și transcriptomes, împreună cu o bază de date rezultate scalabil și o aplicație software user-friendly web-based pentru gestionarea, interogarea și vizualizarea rezultatelor.
Noțiuni de bază
Veți avea nevoie de o bază de date MongoDB, o 2.6+ instalare Python și Apache Tomcat 6+. Pentru mai multe detalii, citiți wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What este nou în acest comunicat:

  • Corecții Mesaj de eroare atunci când rulează scădere și alinierea nu este găsit
  • Mai multe de lucru privind stabilirea interogări de funcționare lungi

Ce este nou în versiunea 1.4.2:

  • Elimină MongoKit dependență

Ce este nou în versiunea 1.4.1:

  • Corecții cursorul timeout pentru lungi interogări statisticile de funcționare

Ce este nou în versiunea 1.4.0:

  • statisticile adaugă în timp ce acestea sunt conduse mai degrabă decât toate la sfârșitul
  • salvează ID unic pentru gene ca uid

Ce este nou în versiunea 1.2.7:

  • Corecții README

Ce este nou în versiunea 1.2.6:

  • Scăderea filtrează necartografiat atunci când construirea mapate citește

Ce este nou în versiunea 1.2:

  • Utility pentru a crea fișiere FastQ de citește necartografiat
  • Utility pentru a reveni la intersecția de fișiere FastQ
  • Utility pentru a reveni fișierele filtru FastQ
  • Adăugat mapq pavilion prag de scădere
  • Gbloader posibilitatea de a încărca acum bacterii și fungi gene
  • salvează secvențe genomice la baza de date folosind GridFS
  • amprenta de memorie redus la calcularea statisticilor
  • utilizare subprocese în loc de os.system

  • Filtrul
  • înscris mapq trebuie să includă 0

Ce este nou în versiunea 1.1:

  • adaugă suport pentru pereche-end citește

Ce este nou în versiunea 1.0.1:

  • Adăugat suport pentru autentificare MongoDB

Cerințe :

  • Python

Software similare

Geant4
Geant4

20 Feb 15

Genepidgin
Genepidgin

20 Feb 15

avalanchetoolbox
avalanchetoolbox

14 Apr 15

biotools
biotools

20 Feb 15

Comentarii la CaPSID

Comentariile nu a fost găsit
Adauga comentarii
Porniţi pe imagini!