Jmol

Jmol este un software grafic open-source, cross-platform și liber care a fost conceput inițial pentru a acționa ca vizualizator molecular pentru structurile chimice 3D. Acesta rulează în patru moduri independente, cum ar fi o aplicație web HTML5, un program Java, un applet Java și o componentă de server "fără cap".

Caracteristicile cheie includ suportul de randament 3D de înaltă performanță, fără a necesita niciun echipament high-end, exportul de fișiere în format JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ și POV-Ray, suport pentru celule unitate de bază, suport pentru RasMol și Chime limbile de scripting, precum și biblioteca JavaScript.

În plus, software-ul suportă animații, suprafețe, vibrații, orbite, măsurători, operații de simetrie și celulă unică și forme schematice.

În prezent, aplicația acceptă o gamă largă de formate de fișiere, dintre care putem menționa MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO și MOPAC.

În plus, sunt suportate și CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, Odydata, Xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR și JME. .

Suportă toate browserele web majore

Software-ul a fost testat cu succes cu toate browserele web majore, inclusiv Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera și Safari. Aplicațiile de browser menționate mai sus au fost testate pe toate sistemele de operare de bază (vedeți următoarea secțiune pentru susținerea OS).

Fiind scris în limbajul de programare Java, Jmol este o aplicație independentă de platformă, concepută pentru a suporta toate distribuțiile GNU / Linux, sistemele de operare Microsoft Windows și Mac OS X și orice alt sistem de operare în care este instalat mediul Java Runtime Environment. / p>

Ce este nou în această ediție:

• bug fix: Jmol SMILES nu permite căutarea în codul de inserare - ^ & quot; pentru codul de inserare: [G # 129 ^ A. *]

Ce este nou în versiune:

Ce este nou în versiunea 14.20.3:

Ce este nou în versiunea 14.6.5:

• remedierea erorilor: Jmol SMILES care nu permite căutarea pentru codul de inserție - adaugă "^" pentru codul de inserare: [G # 129 ^ A. *]

Ce este nou în versiunea 14.6.1:

căutare prin cod - adaugă "^" pentru codul de inserare: [G # 129 ^ A. *]

Ce este nou în versiunea 14.4.4 Build 2016.04.22:

• nu este ajustat pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.4.4 Build 2016.04.14:

• nu este ajustat pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.4.4 Build 2016.03.31:

• nu este ajustat pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.4.3 Build 2016.03.02:

• bug fix: seturile de atomi de adnotare nu sunt ajustate pentru adăugarea de hidrogen
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.4.3 Build 2016.02.28:

• nu este ajustat pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.4.2 Build 2016.02.05:

• nu este ajustat pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.4.0 Build 2015.12.02:

• nu este ajustat pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.2.15:

• remedierea erorilor: seturile de atomi de adnotare nu sunt ajustate pentru hidrogenii adăugați
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.2.13:

• hidrogeni
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.2.12:

• hidrogeni
• remedierea erorilor: 14.3.3_2014.08.02 ruperea cititorului mmCIF
• remedierea erorilor: BinaryDocument (fișier Spartan) citit rupt în 14.1.12_2014.03.18

Ce este nou în versiunea 14.1.8 Beta:

• caracteristică nouă - setați cartoonRibose:
• atrage inele de riboză, cu fațete care arată pătrunderea
• se conectează explicit prin C4'-C5'-O5'-P
• indică C3'-O3 "pentru referință.
• dezactivează cartoonBaseEdges (Edge Leontis-Westhof)
• dezactivat de SET cartoonBaseEdges ON
• sugerat de Rick Spinney, statul Ohio
• Caracteristică nouă: animă [a, b, c, d] funcționează cu numere negative pentru a indica intervale:
• cadru anim [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• citiți ca "1 până la 5 și apoi între 10 și 6"
• Caracteristică nouă: Cititor de fișiere Tinker (și upgrade de citire FoldingXYZ):
• Poate folosi Tinker :: dar acest lucru este necesar numai dacă prima linie este JUST un atomCount
• găzduiește format Tinker mai vechi cu atomi n-1 pentru atomCount
• permite traiectoriile și numărul de model dorit
• Caracteristică nouă: (de fapt 13,1 dar fără documente) cadru de animație [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc)
• caracteristică nouă: x = compara ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• caracteristică nouă: x = compara ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "toate")
• caracteristică nouă: x = compara ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "cea mai bună")
• caracteristică nouă: x = compara ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• caracteristică nouă: x = compare {{atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• caracteristică nouă - x = compara ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"
• generează una sau mai multe liste de corelații pe baza SMILES-urilor non-aromatice
• opțional include atomi de H
• generează opțional toate mapările atomice posibile
• returnează int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• unde an și bn sunt indici atomi întregi sau lista atunci când "toți" este aleasă opțiunea.
• Următoarele vor genera o hartă de corelare a atomilor pentru două structuri incluzând atomi de hidrogen: fișiere de încărcare "a.mol" & Quot; b.mol & quot; x = compara ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
• Următorul compară modelul de cafeină din NCI cu cel din PubChem:
• încărcați $ caffeine; încărcați atașați: cofeină; cadru *
• selectați 2.1; eticheta% [atomIndex]
• compara {1.1} {2.1} SMILES roti traducere
• x = compara ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
• pentru (a în x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; selectați atomindex = a1; eticheta @ a2}
• funcție nouă: comparați {model1} {model2} SMILES:
• nu este nevoie să dați SMILES; Jmol o poate genera din {model1}
• caracteristică nouă: x = {*} găsi ("SMILES", "H"):
• generează SMILES cu atomi H explicit
• remedierea erorilor: substructure () funcția folosind SMILES în loc de SMARTS, deci numai structuri complete;
• remedierea erorilor: o mai bună captare a erorilor și mesaje în metode legate de SMILES
• remedierea erorilor: face ca descoperirea webexport a căii spre Jmol.jar și jsmol.zip să fie mai robustă.
• remedierea erorilor: extractul getPropertyModelul care nu onorează subsetul
• bug fix: set pdbGetHeader TRUE nu captează REMARK3 REMARK290 REMARK350
• bug fix: getProperty ("JSON", ....) trebuie să înfășoare valoarea în {value: ...}
• remedierea erorilor: MO transluciditate persistentă ruptă în 11.x
• remedierea erorilor: afișează MENIU scrie MENIU încărca MENIU toate rupte în 12.2
• remedierea erorilor: {*} [n] ar trebui să fie goală dacă nAtoms

Ce este nou în versiunea 14.0.7:

unitatea de celule și redarea ecoului, getProperty

Ce este nou în versiunea 14.0.5:

• Rezolvarea bug-urilor: LCAOCartunitatea translucidă a sparturilor
• Remedierea erorilor: coloana vertebrală translucidă
• Remedierea erorilor: cititorii pqr, p2n rupți
• Bug fix: proprietatea hărții isosurface xxx poate eșua dacă suprafața este un fragment care (cumva) are un punct care nu este asociat cu un atom de bază.

Ce este nou în versiunea 14.1.5 Beta:

• remedierea erorilor: >
• remedierea erorilor: coloana vertebrală translucidă
• remedierea erorilor: pqr, cititorii p2n rupți
• bug fix: proprietatea hărții isosurface xxx poate eșua dacă suprafața este un fragment care (cumva) are un punct care nu este asociat cu un atom de bază.

Ce este nou în versiunea 14.0.4:

Ce este nou în versiunea 14.0.2:

• remedierea erorilor: modularea nu face distincția între q și t;
• remedierea erorilor: măsurătorile modulate nu funcționează
• remedierea erorilor: nu săriți setul defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• remedierea erorilor: harta isosuprafață orbitală atomică nu reușește
• remedierea erorilor: afișarea vibrațională a modulației cu distanțele nu se actualizează
• remedierea erorilor: oprirea vibrațiilor provoacă avertizări inutile în consola
• remedierea erorilor: trageți simop rupt
• bug fix: array.mul (matrix3f) blochează Jmol
• remedierea erorilor: selectați simop = 1555 rupt
• remedierea erorilor: selectarea setului dragSelected nu funcționează
• cod: CifReader refăcut, separând codul MMCifReader și MSCifReader: redenumirea minoră / refactorizarea metodelor în SV
• cod: adaugă interfața javajs.api.JSONEncodabilă
• implementare super-simplă în org.jmol.script.SV
• permite implementărilor de java-uri să furnizeze rezultate JSON personalizate

Ce este nou în versiunea 14.1.2 Beta:

• caracteristică nouă: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, expresie):
• mai bine decât Jmol.evaluate deoarece rezultatul este o variabilă JavaScript, nu un șir.
• DEPRECAȚIE JSmol api Jmol.evaluate (applet, expression)
• caracteristică nouă: getProperty ("JSON", ....):
• returnează codul JSON pentru proprietate
• permite JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "o expresie")
• caracteristică nouă: getProperty variableInfo:
• permite recuperarea variabilelor în format Java sau JSON
• evaluează expresia
• implicit la "toate"
• caracteristică nouă: modularea reglabilă de q și t, până la d = 3:
• modulare on / off (toți atomii)
• modulație {atom set} on / off
• modulare int q-offset
• modularea x.x t-offset
• modularea {t1 t2 t3}
• modularea {q1 q2 q3} TRUE
• caracteristică nouă: pickedList:
• array ordonat de atomi selectați recent
• poate fi folosit la fel ca variabila PICKED, dar este ordonată secvențial, nu temporal
• Clicând de două ori structura șterge lista
• @ {pickedList} [0] atomul ales ultima dată
• @ {pickedList} [- 1] atomul selectat ultima dată
• @ {pickedList} [- 1] [0] ultimii doi atomi selectați
• caracteristică nouă: array.pop (), array.push () - similar cu JavaScript
• caracteristică nouă: scara de modulare x.x
• caracteristică nouă: captionul "xxxxx" x.x - numărul de secunde de rulare
• funcție nouă: modularea 0.2 // stabilește valoarea t
• caracteristică nouă: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("testare"); print a.pop ()
• caracteristică nouă: selectați setul atomic ON / OFF:
• activează sau dezactivează selecția halourilor și face selecția
• numai comoditate
• funcție nouă: pt1.mul3 (pt2):
• returnează {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• dacă ambele nu sunt puncte, revine la înmulțirea simplă
• reatură nouă: array.mul3 (pt2) - aplică mul3 la toate elementele matricei
• caracteristică nouă: {atomset} .modulation (type, t):
• oferă P3 (modulație de deplasare)
• implementat numai pentru tipul = "D" (Opțional)
• opțional t este 0 implicit
• remedierea erorilor: modularea nu face distincție între q și t;
• remedierea erorilor: măsurătorile modulate nu funcționează
• remedierea erorilor: nu săriți setul defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• remedierea erorilor: harta isosuprafăcătorului eșuează orbital atomic
• remedierea erorilor: afișarea vibrațională a modulației cu distanțele nu se actualizează
• remedierea erorilor: oprirea vibrațiilor provoacă avertizări inutile în consola
• remedierea erorilor: trageți simop rupt
• bug fix: array.mul (matrix3f) blochează Jmol
• remedierea erorilor: selectați simop = 1555 remedierea defecțiunilor defectuoase: selectarea setului dragSelected nu funcționează
• cod: CifReader refactat, separând MMCifReader și MSCifReader
• cod: redenumirea minoră / refactorizarea metodelor în SV
• cod: adaugă interfața javajs.api.JSONEncodable:
• implementare super-simplă în org.jmol.script.SV
• permite implementărilor de java-uri să furnizeze rezultate JSON personalizate

Ce este nou în versiunea 14.0.1:

• Caracteristică nouă: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (implicit 55)
• funcția nouă: funcția de încărcare (), ca în sarcina tipăririi ("xxx"), citirea limită a fișierului local în applet:
• niciun fișier director-root
• fără fișiere fără extensie
• nu există fișiere cu niciun "/.& quot; în calea
• funcție nouă: fișiere JAR semnate în siguranță
• Caracteristică nouă: fișierele JAR pentru applet includ JNLPs (protocoale de lansare în rețea Java) pentru încărcarea fișierelor locale
• caracteristică nouă: Opțiuni pentru URL-ul JSmol _USE = _JAR = _J2S = suprascrie datele de date
• caracteristică nouă: (a fost prezentă, dar nedocumentată) quaternion de imprimare ([matrice de quaternioane]) - returnează sferic înseamnă a la Buss și Fillmore
• caracteristică nouă: quaternion de imprimare ([matrice de quaternioane], adevărat):
• returnează deviația standard pentru media sferică a la Buss și Fillmore

Unitățile
• sunt grade unghiulare
• caracteristică nouă - valorile modulului quaternion numite:
• print quaternion (1,0,0,0)% "matrice"
• opțiunile includ w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axa axisz matricea axului ax
• caracteristică nouă - setați celShadingPower:
• stabilește puterea de umbrire cel
• valori întregi
• implicit 10 este o linie groasă
• 5 este o linie fină
• 0 transformă oprirea
• valoarea negativă elimină umbrirea interioară - numai conturul
• funcționează pe pixeli pe baza sursei normale la lumină (putere> 0) sau utilizator (putere <0)
• stabilește contrastul culorii în fundal (negru sau alb) atunci când normal_z < 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• funcție nouă: rapoartele de citire mmCIF _citation.title în consola de scripting Jmol
• caracteristică nouă: minimizează SELECT {atomets} NUMAI - NUMAI opțiunea exclude toți ceilalți atomi
• caracteristică nouă: minimizează {atomset} - implicit SELECT și NUMAI
• caracteristică nouă - "extensii" directoarele din JSmol pentru scripturile JS și SPT contribuite:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• caracteristică nouă: încărcare ... filtru "ADDHYDROGENS" - setarea locală a pdbAddHydrogens doar pentru o singură comandă de încărcare
• funcție nouă: comparați {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• caracteristică nouă: list = compare {{atomset1} {atomset2} "SMILES" "BONDS")
• funcție nouă: scrieți JSON xxx.json
• caracteristică nouă: cititor JSON {"mol": ...}
• caracteristica - setarea particuleiRadius:
• raza globală pentru atomi peste valoarea maximă a razei (16,0)
• implicit la 20,0
• caracteristică nouă - filtre CIF și PDB "BYCHAIN" și "BYSYMOP" pentru particulele virale:
• creează doar un atom pe lanț sau pe simop
• dimensiunea poate fi scalată mai mare decât maximul de 16 Angstrom folosind, de exemplu:
• setați particulaRadius 30;
• spațiu de depozitare 30; // orice număr de peste 16 de aici folosește în locul particulelorRadius
• caracteristică nouă: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
• funcție nouă: funcția simop () permite simetria de la filtrul biomoleculelor pentru PDB și mmCIF
• caracteristică nouă - isosurface SYMMETRY:
• aplică operatorii de simetrie la isosurface
• redare și creare mai eficiente
• selectarea implicită este numai {symop = 1}
• culoarea implicită este de culoare prin simop bazată pe proprietateaColorScheme
• Exemplu:
• se încarcă primul filtru "biomolecule 1"
• proprietatea de culoare simop
• isosurface sa rezoluție 0,8 simetrie sasurface 0
• caracteristică nouă - proprietate atomică nouă: chainNo:
• succesiv de la 1 pentru fiecare model;
• lanțNo == 0 înseamnă "fără lanț" sau lanț = ''
• caracteristică nouă - noua proprietateColorScheme "prietenoasă":
• schema de culori prietenoasă cu culoarea orbită
• utilizat la RCSD
• funcție nouă: JSpecView complet fără Java; include imprimanta 2D și imprimarea în format PDF a spectrelor
• caracteristică nouă - WRITE PDF "xxx.pdf" calitate & gt; 1 solicită modul peisaj:
• utilizează clase de creare a PDF-urilor personalizate eficiente
• Dimensiunea imaginii se potrivește dacă este prea mare
• caracteristică nouă: JSpecView adaugă PDF și 2D RMN pentru JavaScript
• caracteristică nouă: încărcare "== xxx" FILTRUL "NOIDEAL" - încărcarea componentelor chimice din PDB utilizând metoda "nonideală" set de coordonate
• remedierea erorilor: scrieți CD-ul eliminat; ChemDoodle a schimbat formatele; utilizați în schimb JSON
• remedierea erorilor: fișierele PDB și CIF au indicat ansambluri precum PAU ca număr negativ mare
• bug fix: COMPARAȚI fără a începe o rotație fără rotire
• remedierea erorilor: problemă cu întârziere cu întârziere (-1)
• remedierea erorilor: rotirea mouse-ului pentru Chrome în JavaScript
• remedierea defecțiunilor: meniul pop-up JavaScript pentru modificările de limbă
• remedierea erorilor: componentele de bază JavaScript nu sunt procesate; Jmol._debugCode nu este recunoscută
• remedierea erorilor: unitatea celulelor compensate incorect pentru biomolecule; origine incorectă pentru axe.
• remedierea erorilor: isosurface / mo FRONTONLY rupt
• remedierea erorilor: localizarea limbii este ruptă în JavaScript
• remedierea erorilor: cititorul ADF nu citește ieșirea MO din DIRAC Build 201304052106
• bug fix: Safari raportează informații galbene Jmol în loc să ceară să accepte applet
• - eticheta trebuie să fie
• remedierea erorilor: cititorul CIF nu manipulează corect _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - atomul greșit setat pentru încărcare = filtrul 3fsx.cif "ASSEMBLY 1"
• remedierea erorilor: [# 558 Probleme de compatibilitate cu ChemDoodle] Eroare JSmol în definirea numărului de la Number.toString ()
• fixarea erorilor: rotița mouse-ului nu funcționează corect
• bug fix: JavaScript J2S eroare compilator nu constrânge int + = float la întreg
• remedierea erorilor: opțiunea JavaScript WEBGL ruptă
• corectează greșelile: JavaScriptCalcularea JavaScript nu accesează resursele
• remedierea erorilor: stereo JavaScript nu este implementat
• remedierea erorilor: remedierea cititorului MOL pentru fișierul cu mai multe modele (doar 13.3.9_dev)
• remedierea erorilor: eroarea cititorului MOL cu încărcare APPEND - nu continuă numerele de atomi
• remedierea erorilor: cititorul de modulare CIF nu citește combinațiile liniare ale vectorilor de undă celulară
• remedierea erorilor: citirea CIF cu filtru "BIOMOLECULE 1" eșuează numai în cazul operațiunii de identitate
• remedierea erorilor: cititorul mmCIF nu citește toate opțiunile _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• fixarea erorilor: intrarea CRBST PDB 1.0 1.0 1.0 90 90 90 ar trebui să însemne "nicio celulă unitate" indiferent de filtrul biomoleculelor
• remedierea erorilor: placa de suprafață nu se adaptează bine pentru molecule plate, cum ar fi HEM
• bug fix: print userfunc () poate eșua (userfunc () de la sine este bine)
• remedierea erorilor: în interiorul (helix) nu este implementat pentru polimeri numai C-alfa
• remedierea erorilor: _modelTitle nu este actualizat atunci când un nou fișier este încărcat sau activat
• remedierea erorilor: {*}. simop.all nu oferă operator de simetrie în mod corespunzător
• remedierea erorilor: pentru triple bond în SMILES în URL-uri
• bug fix: build.xml lipsesc clasele de creare PDF
• remedierea erorilor: urmând actualizarea Java, adăugând verificarea corectă a căii pentru applet-ul local semnat
• remedierea erorilor: {xxx} .property_xx nu este salvată în stare (ruptă 8/7/2013 rev 18518)
• remedierea erorilor: Manifestările au fost actualizate pentru fișiere JAR de applet semnate și nesemnate
• remedierea erorilor: scrierea eșuează
• remedierea erorilor: metoda de scriere a scriptului applet () ruptă
• remedierea erorilor: sesiunea PyMOL poate afișa unitatea de celule după citirea din starea salvată
• remedierea erorilor: cititorul MMCIF nu reușește pentru mai multe tipuri de asamblare
• bug fix: cititorul CIF "biomolecule 1" traducerea în "moleculară" mai degrabă decât "asamblare"
• remedierea erorilor: traiectoria de încărcare cu mai multe fișiere care nu funcționează
• remedierea erorilor: meniul pop-up JS nu se închide corect la schimbarea limbii
• remedierea defecțiunilor: atributul id al casetei HTML nu este atribuit
• cod: refactorizarea codului applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• cod: refactoring, simplificarea cititorilor tamponați și fluxurile de intrare tampon.
• cod: JavaScript refactoring, construiți mai bine _... xml
• cod: JavaScript întreg, lung, scurt, octet, plutitor, dublu toate refăcute
• cod: disambiguarea GT ._
• cod: a refacut toate clasele interioare inutile la nivelul superior
• cod: izolat util / ModulationSet folosind api / JmolModulationSet
• cod - Toate localizările limbajului applet citite din fișiere simple .po:
• ca deja pentru JavaScript
• nu este nevoie să compilați fișiere de clasă pentru limbile de aplicație
• nici un fișier .jar în limbaj
• noul director jsmol / idioma deține fișiere .po pentru Java și HTML5
• cod: randare mai rapidă a isosuprafeței adăugând implicit "fronton" cu selectați numai {xxx} NUMAI

Codul
• : randare mai rapidă a isosuprafeței cu implicit "isosurfacepropertySmoothing FALSE" în cazuri relevante (întreg)
• cod: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - consolidează toate referințele la URL.getContent () și Class.getResource ()
• cod: JavaScript funcționează pentru o problemă de clasă internă cu schimbarea numelui variabil
• code: work-around pentru eval (functionName) care nu funcționează în JavaScript.
• cod: experimentarea cu ocluzie ambientală
• cod: Manualele necesare au fost adăugate pentru Java Ju51 (ianuarie 2014).
• cod: JmolOutputChannel sa mutat la javajs.util.OutputChannel
• cod: jsmol.php fixat pentru a permite " în metoda saveFile
• cod: refactoring Parser în javajs.util
• cod: DSSP sa mutat la org.jmol.dssx, reducând încărcarea biologică JSmol cu ​​20K
• cod: pachetul iText jettisoned, nu mai este necunoscut, așa cum am scris propriul creator PDF

Cerințe :