mpiBLAST este o implementare paralelă MPI bazate de NCBI BLAST. Proiectul constă într-o pereche de programe care înlocuiesc formatdb și blastall cu versiuni care execută joburi BLAST în paralel pe un cluster de calculatoare cu MPI instalate. Există două avantaje principale în utilizarea mpiBLAST versus BLAST tradițională.
În primul rând, mpiBLAST împarte baza de date pe fiecare nod din cluster. Deoarece segmentul fiecare nod al bazei de date este mai mic se poate locui, de obicei, în tampon-cache, obținându-se o accelerare semnificativă, datorită eliminării disc I / O. În al doilea rând, ea permite utilizatorilor BLAST să profite de, low-cost grupuri eficiente Beowulf că cererile de comunicare interprocessor sunt mici.
mpiBLAST atinge accelerare super-liniar în situațiile în care baza de date este prea mare pentru a încăpea în memoria RAM, iar aproape accelerare liniară în alte situații. Ea nu are nevoie de un grup dedicat.
Cerinte:
Comentariile nu a fost găsit