Pathomx

Pathomx (fosta MetaPath) este un software grafic open source puse în aplicare în IPython, Qt și PyQt, proiectat de la sol până la a acționa ca un utilitar interactiv pentru vizualizarea și analiza datelor metabolice sub GNU / Linux și alte POSIX & nbsp; de operare sisteme. Inițial a fost proiectat pentru a fi utilizat pentru prelucrarea metabolomica data.Features la o caracteristici glanceKey includ suport pentru importul și exportul de RMN (Rezonanță Magnetică Nucleară) de date, prelucrare spectre, inclusiv normalizare, binning și alinierea, precum și vizualizare cale metabolică și minerit. Veți fi, de asemenea, posibilitatea de a importa date genomice și metabolomica prin diverse căi pentru vizualizare pe căi specifice.
Diverse adnotări de baze de date MetaCyc sunt de asemenea incluse în cererea Pathomx, printre care putem menționa link-uri de unificare a bazei de date, sinonime, precum și căi asociate și reacții. Vă rugăm să rețineți că baza de date MetaCyc este derivat din API public.
Aplicația utilizează puternic baza de date MetaCyc de explorare rapidă a seturilor de date complexe, datorită extensibile și plugin-uri configurabile. În plus, se folosește bibliotecile NumPy și Scipy pentru numărul de manipulare, Matplotlib de grafice, nmrglue pentru RMN import de date, d3.js de grafice interactive, și scikit-învăța pentru analiza statistică methods.Under capota si a sprijinit OSesLooking sub capota lui Pathomx, putem observa că cererea a fost construit pe shell comanda IPython. De asemenea, funcționează bine sub sistemele de operare Microsoft Windows și Mac OS X, pentru care este disponibil pentru descărcare ca pachetele pre-construite binare. Pentru GNU / Linux, software-ul este distribuit doar ca o arhivă sursă gzip compatibil cu platforme hardware pe 32 de biți și pe 64 de biți.
Când utilizați Pathomx, utilizatorii ar trebui să țină cont de faptul că aplicarea face uz de date din baza de date cale MetaCyc în sine, care face parte din familia BioCyc. API MetaCyc este utilizat pentru a genera baza de date furnizate, care este stocată local

Ce este nou în această versiune:.

• S-a adăugat un editor vizual complet nou drag-drop.
• Acesta vă permite să creați fluxuri de lucru de analiza prin glisarea instrumente în spațiul de lucru, editarea de conexiuni prin glisarea linii de date între instrumente, și folosirea vedere inline pentru a obține o imagine de ansamblu a prelucrării curent.
• Datele pot fi scăzut în spatiul de lucru pentru import instant.
• a adăugat, de asemenea, în direct pe instrument progres notificări, baruri și indicatorii de stare.
• Erorile sunt marcate cu textul de ajutor (ponturile pe instrumente atunci când este indicată rosie).

Cerințe :

• Graphviz