SSuMMo

SSuMMo este o bibliotecă de funcții destinate în jurul iterativ folosind hmmer a atribui secvențe de taxoni & nbsp;. Rezultatele sunt copaci foarte adnotate arată specie / distribuție gen în acea comunitate.
Programe incluse cu codul sursă includ unelte pentru: -
- Construiți o bază de date ierarhică de ascunse Modele Markov - dictify.py;
- Aloca secvențe de denumiri taxonomice recunoscute - SSUMMO.py;
- Analiza diversității biologice, folosind Simpson, Shannon si alte rankAbundance.py metode-;
- Vizualizarea rezultatele ca cladograms cu o capacitate distinct de a centra ușor-a compara seturi de date - comparative_results.py
- Converti rezultatele în format phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Reprezentare build html - dict_to_html.py.
- Curbele descarcării complot și se calculează indici de biodiversitate corespunzător
Codul sursă Python este prevăzut aici, pe Google Code. Baza de date precompilat ierarhică a HMMs, precum și o bază de date SQL taxonomie optimizat (utilizat pentru deducerea rândurile de fiecare taxon) poate fi descărcat de la: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Pentru a instala informații, vă rugăm să consultați README. Pentru informații utilizare, există un wiki (de mai sus), precum și un Manual de utilizare preliminar a fost adăugat la portbagaj SVN

Cerințe :.

• Python