PAȘI este un pachet de simulare stocastică exacta pentru sisteme de reacție difuzie în geometrii complexe 3D arbitrar. Algoritmul nostru de simulare de bază este o implementare a SSA Gillespie, a extins pentru a face față difuzia de molecule peste elementele unei rețea tetraedrică 3D.
Deși a fost dezvoltat în principal pentru simularea modele detaliate ale căilor de semnalizare neuronale in dendrite și în jurul sinapselor, este un instrument general și poate fi utilizat pentru a studia orice cale biochimică în care gradienți spațiale și morfologie sunt considerate a juca un rol.
Am implementat PAȘI ca un set de module Python, ceea ce înseamnă că utilizatorii etape pot folosi script-uri Python pentru a controla toate aspectele legate de constituire a modelului, generând un mesh, controlul simulare și generare și analiza de ieșire. Rutinele de calcul de bază sunt încă puse în aplicare ca C / C ++ module de extensie pentru viteza maximă de execuție.
. PAȘI este distribuit sub licenta GPL v3
Cerințe :
- Python
Comentariile nu a fost găsit