Marvin

Proiectul Marvin oferă o colecție de instrumente Java pentru desen, afișarea și caracterizarea structuri chimice, substructuri și reacții.
Marvin poate fi ușor de instalat pe desktop și perfect integrate în pagini web și aplicații terțe părți prin intermediul interfeței sale API (Application Programming).
Familia Marvin este format din următoarele instrumente:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applet sau fasole?
Marvin este disponibil în două pachete în funcție de utilizare:
* Marvin Applet pentru dezvoltator web
* Fasole Marvin pentru desktop farmacie și pentru dezvoltator de software.
Marvin Applets sunt instrumente pentru construirea de pagini web chimice, care sunt compatibile cu majoritatea browserelor (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) Acestea oferă acces la / la JavaScript și sunt personalizabile prin parametri applet.
Fasole Marvin sunt aplicații ușor de instalat pentru desktop si instrumente pentru integrarea capabilităților Marvin în orice aplicație Java

Ce este nou în această versiune:.

• MarvinSketch:
• căutare publică de baze de date în chemicalize.org.
• Posibilitatea de a schimba ordinea ligand în MarvinSketch.
• Fog-efect poate fi controlat în diverse moduri:
• Nu este un slider pe fila Afișare de dialog Preferințe din Sketch / Vizualizare GUI pentru a seta puterea de ceață efectul și o casetă de selectare pentru a opri automat de ceață efect.

sunt introduse
• Applet și fasole parametri: fogFactor, automaticFogEnabled. (Subiect de forum).
• Atașarea la un punct de atașare grup nu degrupa automat Sgroup mai.
• Determinarea conținutului de S-grup:. Grupurile de S multiple și generice trebuie să conțină tot subgraful dintre legăturile trec între paranteze
• Actualizare de conținut S-grup dacă pozitie placuta schimba: fie paranteze sau structura este mutat
.
• încorporarea S-grup și se suprapun sunt verificate la verificări ale consecvenței moleculă.
• SMARTS import acceptă atomi de carbon alifatici cu dublă legătură (subiect de forum).
• SMILES import / export acceptă alene.
• Generați nume traditional pentru fragmente în interiorul unui compus mai mare (de exemplu, & quot; de dextrometorfan bromhidrat & quot;).
• Suport pentru număr CAS conversie.
• îmbunătățită OCR corectarea erorilor în DocumentExtractor (virgula lipsă, de tip paranteze misrecognized, spatii suplimentare, ...).
• Document Extractor pe documente PDF oferă acum numărul paginii de rezultate.
• Suport îmbunătățit pentru denumirilor comune în structura-to-si nume-de-structură. Sprijinul general pentru numele import a crescut cu aproximativ 5% pentru comune și de 10% pentru nume sistematice. Viteza de conversie este crescut cu aproximativ 20%.
• JChem și Marvin Fasole instalatorilor pentru Windows extrage, de asemenea script de shell pentru Cygwin.
• Păstrați grupuri exocycyclic în cadrele Bemis-Murcko.
• halogen poate avea mai mult de o conexiune în timpul enumerare.
• obligațiuni aromatice sunt considerate în timpul calcularea numărului de legături duble pentru verificarea proprietate omologie.
• Mod de selectare Lasso poate fi setat pentru a fi implicit în MSketchPane (subiect de forum).
• O nouă funcție, isChiral a fost adăugat la TopologyAnalyzer.
• New Chmical Condiții de funcții: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Remedieri de erori:
• box Nume nu a fost actualizat după creare grup deoarece crearea unui grup nu a crescut grafic Nr schimbare invariante (subiect de forum).
• cerere MarvinSketch nu au înțeles & quot; - {name} & quot; parametru de linie de comandă.
• Când Structura & gt; Găsiți structura meniu on-line a fost invocat în Linux, browser-ul implicit nu a putut fi detectată pentru a afișa rezultat (subiect de forum).
• încărcarea fișierului isotopes.data din memoria cache java nu și dacă versiunea necomprimate a fost stocat în memoria cache (de exemplu, în cazul în care decompresia a fost făcut în mod automat de către server, și nu de către Marvin). Forum subiect, documentare.
• obiecte grafice nu au fost afișate în fereastra de rezultate Geometrie Plugin.
• Pe săgeata de curgere de electroni, caseta albastră pentru evidențierea fost pierdut (subiect de forum).
• pentru a ligandului nu a fost afișat pe eșafod, dacă definițiile au fost eliminate, chiar dacă & quot; & quot; Întotdeauna Opțiunea de afișare a fost stabilit pentru & quot; Ligand Obligă & quot; pe dialogul preferințe.
• Indicele atomului multicentric a devenit corupt în urma exportator în format lei Mol în cazul în care a fost conectat la un grup R.
• Săgeată lipit de dreptunghiuri fost deteriorate în timpul MRV import / export (subiect de forum).
• Import de 1-litere peptidă nu a reușit la un singur Histidină (subiect de forum).
• atomi de hidrogen implicite lipseau prin import de la SKC.
• valoarea proprietății Null de MolAtom nu a fost exportat / importat în format MRV.
• După import pentru anumite SMARTS, tip de obligațiuni greșit a fost determinată în loc de legătură simplă sau aromatic.
• Anumite paranteze importate din fișiere CDX întocmite în ChemDraw au fost expuse în direcția greșită.
• SMARTS export:. 1-atom vecin legătură unică de un inel aromatic a fost exportat ca o legătură simplă în loc de un singur / aromatice
• Exportul interogări cu link nod și-grupări R în format SMARTS au fost incorecte.
• Manipularea H atom a fost ambiguu în Smarts expresii.
• Mol domeniu fișier comentariu import a eșuat.
• Importul anumitor SMILES a fost greșit (subiect de forum).
• Dacă șablonul conține o parte lanț care pot fi situate în poartă ca o parte a unui inel (sau un sistem inelar) ar trebui să ignorăm faptul că o parte a șablonului.
• Fine cu opțiunea de a distruge cu bombă cu hidrogen Clean3D nu a degrupa S-grupuri automat (subiect de forum).
• Molecule.contractSgroups () dat peste cap coordonatele molecula (subiect de forum).
• atomi de hidrogen explicite nu au fost luate în mod corespunzător în considerare în calculul stereochimie cis / trans.
• Generator tautomer aruncat ArrayIndexOutOfBoundsException, în unele cazuri.
• omologie enumerare a produs molecule incompatibile pentru a putea intrare VMN.
• taxa incorect Numar de după aplicarea CovalentCounterion Fixat.
• formatul de ieșire jurnal de linie de comandă StructureChecker diferit de formatul de ieșire al expertului.
• ChiralFlagErrorChecker nu se ocupe în mod corect chiralitate. În loc de calcul chiralitate de date de paritate, a folosit o punere în aplicare pe baza metodei isChiral de TopologyAnalyser.

Ce este nou în versiunea 5.4.0.1:

• Highlighting de săgeți de curgere de electroni a fost greșit atunci când baza sau punct final a fost o legătură (forum subiect).
• configurație meniul de serie nu au de lucru.
• Indicele atomului multicentric sa incorect creat în timpul lei MOLFile export în cazul structurilor în care grupul R a fost conectat la atomul multicentric (obligațiuni de variație poziție).
• atomi de hidrogen implicite lipseau de la atomii după importul sau pasta de structuri din / Symyx format de fișier Sketch (formatul de fișier SKC) ISIS.
• Fișierele CDX inclusiv obiecte grafice rotite exportate din versiunile vechi ale ChemDraw nu au putut fi importate.
• calcul tautomer
• tautomer Generice nu a fost suficient unic, în unele cazuri. Datorită fix, tautomerului generic este oferit sub formă aromatic.
• calcul tautomer Canoncical sa îmbunătățit datorită fix de dezaromatizare.
• Anumite structuri cu atomi de hidrogen explicite în legătură cu legătură pană-a dat o excepție în timpul tautomerization generic.
• calcul Volumul lipsea din cxcalc.
• Structura Checker aruncat NullPointerException în loc de a ignora fișier de configurare incorectă.

Ce este nou în versiunea 5.1.03.2:

• IUPAC Nume import: transformarea nume IUPAC pentru structuri.
• OLE 2 suport:. Suport îmbunătățit de lipire MarvinSketch obiecte în documente de birou MS
• Chimie termeni:. Disponibile de la Marvin în linia de comandă, API și pot fi folosite în scripturi Java (în applet-uri)
• accelerată de inițializare a MarvinSketch și MarvinView la pornire, atât ca versiune independentă, și ca o componentă puse în aplicare în alte aplicații.

Cerințe :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment