POY

POY este un program de analiză filogenetică care acceptă mai multe tipuri de date (de exemplu, morfologie, nucleotide, gene si regiuni genetice, cromozomi, gene și întregi). POY este special în care se poate efectua adevărat alinierea și filogenia inferență adică secvențe de intrare nu trebuie să fie prealigned. Deleții și rearanjamente, pot fi apoi incluse în punctajul total copac sub maximă Parsimony, sau în modelul sub Probabilitatea maximă. O varietate de algoritmi euristici au fost dezvoltate în acest scop și sunt puse în aplicare în POY.