Biopython

Dezvoltat o echipă internațională de dezvoltatori este un efort de colaborare distribuită pentru a dezvolta biblioteci și aplicații care se adresează nevoilor de lucrări actuale și viitoare în bioinformatică Python.

Ce este nou din această versiune:.

• Bio.Phylo are acum construcție copac și consens module, de la privire la activitatea GSoC de Yanbo Ye
• Bio.Entrez acum va descărca automat și cache fișiere noi NCBI DTD pentru analiză XML în directorul home al utilizatorului (folosind ~ / .biopython pe Unix ca sisteme, și $ APPDATA / biopython pe Windows).
• Bio.Sequencing.Applications include acum un înveliș pentru instrumentul de samtools linie de comandă.
• Bio.PopGen.SimCoal acum sprijină, de asemenea fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3 text, hmmer3-tab, și hmmer3-domtab sprijini acum de ieșire din hmmer3.1b1.
• BioSQL pot folosi acum pachetul mysql-conector (disponibil pentru Python 2, 3 și PyPy), ca o alternativă la MySQLdb (Python 2 numai) pentru conectarea la o bază de date MySQL.

Ce este nou în versiunea 1.63:

• Acum foloseste stilul Python 3 built-in funcție următor în locul de .Etapele a Python 2 iteratori stil "() metodă.
• Versiunea curentă a eliminat cerința bibliotecii 2to3.

Ce este nou în versiunea 1.62:.

• Prima eliberare a Biopython care susține oficial Python 3

Ce este nou în versiunea 1.60:

• modul nou Bio.bgzf susține citirea și scrierea fișierelor BGZF ( Blocat GNU Zip Format), o variantă de GZIP cu acces aleator eficient, cel mai frecvent utilizate ca parte a formatul de fișier BAM și în tabix.
• parser GenBank / EMBL va da acum un avertisment cu privire la locatii artistice nerecunoscute și continua parsarea (plecarea locație funcția ca None).
• Bio.PDB.MMCIFParser este acum compilat implicit (dar nu este încă disponibil în Jython, PyPy sau Python 3).

Ce este nou în versiunea 1.59:

• Noi Bio.TogoWS modul ofera un înveliș pentru TogoWS REST API.
• NCBI Entrez Fetch funcție Bio.Entrez.efetch a fost actualizat pentru a gestiona manipularea stricte de argumente de identitate multiple NCBI în EFetch 2.0.

Ce este nou în versiunea 1.58:

• O nouă interfață și interpretoare pentru PAML (Analiza filogenetică de Probabilitatea maximă) pachet de programe, codeml susținere, baseml și yn00 precum și un Python re-implementare a Chi2 a fost adăugat ca modulul Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO include acum suport pentru fișiere citit ABI (& quot; Sanger & quot; capilare de secvențiere fișiere de urme, care conține numita secvență cu calitati Phred)
.
• Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; parser a fost actualizată pentru a face față cu liniile de marcare așa cum este utilizat în Bill Pearson FASTA versiune 3.36.

Ce este nou în versiunea 1.57:.

• Biopython poate fi instalat acum cu PIP

Ce este nou în versiunea 1.56:

• Modulul Bio.SeqIO a fost actualizat pentru a sprijini proteină EMBL fișiere (utilizate pentru baza de date brevete), fișiere IMGT (o variantă de formatul de fișier EMBL, cu ajutorul Uri Laserson), și fișiere XML UniProt.

Ce este nou în versiunea 1.55:

• O mulțime de muncă a fost către Python 3 suport (prin script 2to3), dar dacă nu ne-am despărțit ceva ce ar trebui să nu observați orice modificări.
• În ceea ce privește noile caracteristici, punctul culminant cele mai notabile este că clasele wrapper comanda aplicare instrument de linie sunt acum executabil, care ar trebui să face mult mai ușor pentru a apela instrumente externe.

Cerințe :

• Python 2.6 sau mai mare