Expression2Kinases

-Genomului ARNm profilare oferă un instantaneu al stării globale de celule în condiții diferite. Cu toate acestea, nivelurile de mRNA nu oferă înțelegere directă a mecanismelor de reglementare din amonte. Expression2Kinases (X2K) este o nouă abordare pentru a identifica autoritatile de reglementare din amonte probabil responsabile pentru schimbările observate in expresia genelor-genomului. Prin integrarea CHIP-seq / cip și poziție-greutate-matrice (PWMs) date, interacțiunile proteină-proteină, și reacțiile de fosforilare kinaza-substrat X2K pot fi folosite pentru a identifica mecanisme de reglementare în amonte diferențelor-genomului in expresia genelor. Ideea este de a deduce mai întâi factorii cei mai probabil de transcriere care reglementeaza diferențele de expresia genelor, apoi utilizați proteine-interactiuni de proteine ​​pentru a conecta factorii de transcriptie identificați utilizând proteine ​​suplimentare pentru construirea subrețele de reglementare transcriptie centrate pe acești factori, și de a folosi în cele din urmă kinaza-substrat Reacțiile de fosforilare proteine, pentru a identifica și candidate rangul proteine-kinaze care reglează cel mai probabil formării complecșilor transcriptie identificate. X2K conține, de asemenea instrumente pentru a efectua lista de gene analize îmbogățire și anticipa medicamente care pot inversa sau agrava modificari in expresia genelor. . Abordarea X2K poate avansa intelegerea noastra de celule de semnalizare și descoperi mecanismele droguri de actiune

Cerințe :

Java Runtime Environment 6.0