MetagenomeDB

MetagenomeDB este o bibliotecă Python proiectat pentru a stoca cu ușurință, prelua și adnota secvențe metagenomic. & Nbsp; MetagenomeDB acționează ca un strat de abstractizare pe partea de sus a unei baze de date MongoDB. Acesta oferă un API pentru a crea și modifica și conecta doua tipuri de obiecte, și anume secvențe și colecții:
& Nbsp; * secvențe (clasa secvență) pot fi citește, contigs, clonele PCR, etc.
& Nbsp; * colecții (clasa Collection) reprezintă seturi de secvențe; de exemplu, se arată rezultă din succesiunea unui eșantion, contigs asamblat dintr-un set de citește, biblioteca PCR
Orice obiect poate fi adnotat cu ajutorul unui sintaxă-dicționar cum ar fi:
# În primul rând, noi de import biblioteca
import MetagenomeDB ca MDB
# Atunci vom crea un nou obiect de secvență cu două
# Proprietăți (obligatoriu), "numele" și "secvență"
s = mdb.Sequence ({"name": "secventa mea", "secventa": "atgc"})
# Obiectul poate fi acum adnotat
print s ["lungime"]
s ["tip"] = "citește"
# Dată modificat, obiectul trebuie să fie comisă
# La baza de date pentru modificările să rămână
s.commit ()
Obiectele de tip secvență sau Collection pot fi conectate între ele, în scopul de a reprezenta diferite seturi de date metagenomic. Exemplele includ, dar nu se limitează la:
& Nbsp; * colectarea citeste rezultă din o centrare de secvențiere (relația dintre Sequence mai multor obiecte și o colectare)
& Nbsp; * set de contigs rezultate din asamblarea unui set de citește (relație între două obiecte de colecție)
& Nbsp; * citeste că sunt parte a unei contig (relație între Sequence mai multor obiecte și o secvență)
& Nbsp; * secvență care este similar cu o altă secvență (relație între două secvență obiecte)
& Nbsp; * colecție, care este parte dintr-o colecție mai mare (relație între două obiecte de colecție)
Rezultatul este o rețea de secvențe și colectare, care poate fi explorat folosind metode specifice; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Fiecare dintre aceste metode permit filtre sofisticate folosind sintaxa interogarea MongoDB:
# Lista toate colecțiile de tip "collection_of_reads"
# Secvența 's' aparțin
colecții = s.list_collections ({"tip": "collection_of_reads"})
# Lista toate secvențele care aparțin, de asemenea, la aceste colecții
# Cu o lungime de cel puțin 50 bp
pentru c în colecții:
& Nbsp; c.list_sequences imprimare ({"lungime": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB oferă, de asemenea un set de instrumente de linie de comandă pentru a importa secvențe de nucleotide, secvente de proteine, BLAST și alinierea FASTA algoritmi de ieșire, și fișiere de asamblare ACE. . Alte instrumente sunt furnizate pentru a adăuga sau a elimina mai multe obiecte, sau de a le adnota

Cerințe :

• Python