relax

se pot relaxa este un proiect software distribuit gratuit open source și care a fost proiectat pentru studiul dinamicii moleculare prin analiza datelor experimentale RMN, sprijinind molecule organice, ARN, proteine, zaharuri, ADN-ul, și multe alte biomolecule.

relaxați-vă susține mai multe teorii RMN, implementează diverse instrumente de analiză a datelor în calitate de componente modulare, și poate interfera cu alte programe, cum ar fi Dasha și Modelfree. În plus, acesta susține o gamă largă de teorii RMN, încorporează mai multe instrumente de analiză a datelor, permite utilizatorilor să vizualizeze date, precum și pentru a interacționa cu alte programe.

În ciuda faptului că cererea vine cu atât CLI (Command-line interfață) și GUI (Graphical User Interface) front-end, mai multe terțe părți interfețe grafice cu utilizatorul (GUI) există pentru a vă relaxa.

Printre tipurile acceptate de analize, relaxați-vă pot ocupa de dispersie de relaxare, testarea consistenta a RMN camp multiplu (rezonanta magnetica nucleara) date de relaxare, modelul N-stat și ordine cadru, liber-model de analiză, R1 și R2, NOE, RSDM (redusă de cartografiere Densitatea spectrală), precum și investigațiile Stereochimie.

Pentru a automatiza procesul de analiză a datelor, este posibil să se creeze script-uri foarte complexe, prin utilizarea de blocuri. Pentru aceasta, dezvoltatorii furnizează diverse script-uri de eșantionare care vă va ajuta să înțeleagă cum sunt script-ul și pentru a crea mai ușor propria.

Privind sub capota, putem observa că programul este scris în întregime în limbajul de programare Python și utilizează cross-platform Qt GUI set de instrumente pentru interfața grafică de utilizator, ceea ce înseamnă că ruleaza pe Linux, Microsoft Windows și Mac OS X sisteme de operare.

Aplicația este disponibilă pentru descărcare ca arhive binare pentru mai multe sisteme de operare GNU / Linux, care sprijină atât pe 32 de biți (x86) și 64-biți (X86_64) arhitecturi set de instrucțiuni, precum și o tarball sursă.

Ce este nou în această versiune:

• Caracteristici:
• Numeroase îmbunătățiri pentru compilarea versiunii HTML a manualului relaxeaza-te.
• Actualizat pentru a elimina toate relaxeze FutureWarnings de la NumPy & ge; 1.9, la tehnologiile viitoare se pot relaxa împotriva modificărilor viitoare comportament NumPy.
• Abilitatea de a manipula reprodus R2, punctele de date eff de către funcția de utilizator relax_disp.r2eff_read, dar adăugând 0,001 până la valoarea de frecvență pentru punctul replicat.
• Un nou script probă pentru încărcarea unui fișier de liber-model de rezultate și de back-calcularea datelor de relaxare.
• Îmbunătățiri pentru gestionarea datelor structurale PPB.
• Punerea în aplicare a funcției de utilizator structure.pca pentru efectuarea de analize de componente de principiu (APC) a unui ansamblu de structuri.
• Adăugarea unui scenariu pentru desfășurare rapidă pe infrastructura Google Cloud Computing.
• Modificări:
• Fix pentru rigid cadru model de ordinul 2 grade matrice ordinea cadru în manual. era folosit simbolul greșit.
• S-au eliminat newparagraph și newsubparagraph definițiile din manualul LaTeX. Acestea au fost conflicte cu care cauzează latex2html, prevenind versiunea HTML a manualului de la a fi compilat. Aceste definiții sunt inutile pentru setul curent pana de secționarea în manual.
• Modificarea subtitrările scurte în noile modele de cadre pe capitol al manualului. Á runic> Caracterul ž a fost înlocuit pur și simplu prin "Daeg". Acest lucru se datorează incompatibilități cu latex2html care împiedică manualul HTML de la a fi compilat.
• Eliminarea definiției unei coloane de masă cu lățime fixă ​​din preambulul manual LaTeX. Acest lucru este necesar ca pauzele de definire a latex2html de compatibilitate, provocând o corupție în numerotarea figura care rezultă în imaginile din HTML pentru a fi, randomizat, în esență.
• Eliminarea pachetului accente pentru a permite manual HTML care urmează să fie compilate. Pachetul de accente LaTeX nu este compatibil cu latex2html, deci cel mai usor fix este de a elimina pachetul.
• rotit manual elementul cadru de matrice ordine EPS figuri manual, pentru compatibilitate latex2html. comanda '90 rotați "a fost ștearsă și caseta de încadrare permutat ca b c d - & gt; b -c d -a. Acest lucru permite argumentul unghiului în includegraphics {} comandă să fie scăzut, deoarece latex2html nu recunoaște acest lucru. Acesta permite cifrele să fie vizibile în versiunea HTML a manualului.
• Reproiectarea ordine cadru tabel parametru de cuibărit în manualul de compatibilitate latex2html. Tabel utilizează pachetul tikz, care este fatal pentru latex2html, chiar dacă nu este utilizat. Prin urmare, tabelul din docs / latex / frame_order / fișierul parameter_nesting.tex a fost convertit într-un document de sine stătător LaTeX pentru a crea o versiune postscriptum decupată a tabelului tikz formatat. Un script de compilare a fost adăugat, de asemenea. Rezultant Fișierul .ps * este acum inclus în secțiunea de integrare numerică PCS, mai degrabă decât această secțiune a crea tabelul tikz. Tot textul a fost preambulul tikz îndepărtat pentru a permite latex2html să ruleze.
• Soluție pentru latex2html să nu fie în măsură să se ocupe de pachetul allrunes sau fontul asociat. În mediul de htmlonly preambul, simbolurile de ordine cadru sunt redefinite folosind textul "Daeg" în locul caracterului runica á> ž.
• Corecții pentru sub și exponenților în manual. Aceasta introduce {} în jurul tuturor sub și textrm {} instanțe exponent. Acest lucru nu este necesar pentru versiunea PDF a manualului ca este evitat problema placuta lipsește, dar afectează versiunea HTML a manualului compilat de latex2html, care impune notarea corectă. Remedierile sunt atât noul capitol, pentru cadru, precum și capitolul de dispersie de relaxare.
• Editarea și stabilește, pentru Relaxării 4.0.0 parte a fișierului SCHIMBARI.
• Actualizat și a îmbunătățit instrucțiunile wiki din documentul lista de verificare se pot relaxa eliberați.
• Încă o instrucțiune wiki despre verificarea pentru link-uri moarte în documentul lista de verificare cu eliberare.
• Mai multe modificări minore la secțiunea "Comunicarea" a documentului lista de verificare cu eliberare.
• Actualizarea script de shell pentru a găsi titluri duplicate în fișierele LaTeX ale manualului.
• Convertit titlul duplicat găsi shell script într-un script Python. Script-ul Python este mult mai avansat și folosește o logică diferită pentru a produce un tabel de titluri replicată și numărului acestora. Script-ul returnează, de asemenea, o stare de iesire a eșuat atunci când există probe identice.
• Convertit titlul replicat script Python pentru a găsi utilizeze o structură de clasă. Acest lucru permite script-ul să fie importat ca un modul. Constatarea a fost replicate mutat într-o metodă de clasă find ().
• Redenumit titlul de replicare a găsi script.
• Eliminat titlul LaTeX duplicat găsirea script de shell. Acest lucru este acum manipulat de către script-ul mult mai avansat Python.
• Scons elaborarea manualelor PDF și HTML verifică acum pentru titlurile replicate. Un nou obiectiv replicate_title_check a fost adăugat la scons script-uri. Acest lucru cere gasirea () metoda de script constatare duplicat LaTeX din titlu pentru a determina dacă orice titluri sunt reproduse, iar în cazul în care astfel scons tinta revine cu un sys.exit (1) apel. Acest obiectiv este stabilit la începutul obiectivelor user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons. Rezultatul este că manualul nu poate fi compilate în cazul în care există titluri identice, forțând titlurile să fie schimbate. Rezultatul va fi că paginile HTML vor fi toate unice, ca rezultat titluri reproduse într-o singură pagină HTML fiind create pentru toate secțiunile.
• Eliminarea titlurilor replicate din sursele pe care noile LaTeX capitole de ordine cadru introdus.
• După îndepărtarea unui titlu reprodus vechi în sursele de LaTeX pentru manual. Acesta este titlul "Analiza Model-free", care este utilizat pentru întregul capitol analize specifice, precum și pentru secțiunea de analiză liber-model al valorilor, degradeuri și Hessians pentru capitolul optimizare.
• Fixat și imprimate îmbunătățite pentru obiectivul replicate_title_check scons.
• Actualizat toate se relaxeze pentru a proteja împotriva modificărilor viitoare care apar în pachetul NumPy Python. De la versiunea 1.9 NumPy, The FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: comparație cu `None` va avea ca rezultat o comparație obiect elementwise în viitor. este văzută într-un mare procent din toate funcțiile se relaxeze utilizatorului. Acest lucru este prins și transformat într-un RelaxWarning cu același mesaj. Problema este că comportamentul operatorilor de comparare == și! = Se va schimba cu versiunile viitoare NumPy. Acestea au fost înlocuite cu este și nu este întreaga suprafață a bazei relaxeze cod. Modificările au fost făcute la pachetele minfx și bmrblib pentru a se potrivi.
• Mai multă protecție împotriva modificărilor viitoare NumPy. FutureWarning este `rank` este depreciat; utilizați `atributul ndim` sau funcția în loc. Pentru a găsi rangul unei matrice vezi `numpy.linalg.matrix_rank`. Prin urmare, metoda paramag_info funcția țintă modelul N-stat () a fost actualizat pentru a utiliza atributul .ndim și funcția de utilizare mai îndelungată, numpy.rank ().
• Crearea sistemului Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids testul. Acest lucru este conceput pentru a prinde bug # 23933, de "NameError: 'id-uri' nume la nivel mondial nu este definit" problemă la încărcarea de date de relaxare. O versiune trunchiată a datelor de fișiere și relaxare PPB, versiunile complete ale care sunt anexate la raportul de eroare, constând numai din reziduuri de 329, 330 și 331 au fost adăugate la directoarele de date suita de teste comune, precum și testul de sistem scris prinde NameError.
• Actualizat sistemul de testare Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids pentru a prinde RelaxMultiSpinIDError. Acest lucru permite sistemului să treacă testul, așa cum este de așteptat un RelaxMultiSpinIDError.
• Actualizat versiunile minfx și bmrblib în documentul lista de verificare de eliberare a 1.0.12 și 1.0.4. Acest lucru este de a elimina mesajele FutureWarning NumPy despre == Niciuna și =! Nici unul comparații structurilor de date NumPy, care, în viitor se va schimba în comportament.
• Creșterea GNA! știre secționarea profunzime în documentul lista de verificare cu eliberare.
• Extins descrierea funcției sequence.attach_protons utilizator. Acest lucru rezultă din http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Adăugat datele inițiale pentru datele de testare de la Paul Schanda. Acest lucru se va demonstra că există mai multe posibilități de a spori R2, metoda punctul eff.
• Sa adăugat testul sistemului Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Acest lucru va prinde creditarea valorilor nan.
• Made verificare suplimentară în citire de secvență, că valorile nan sunt omise.
• Asigurându-vă că replicat 4000 punctul Hz pentru experimentul 950 MHz nu este suprascrisă.
• În testul de sistem Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, a adăugat un test de numărare R2, valorile eff. Acest lucru arată că R2 replicat, eff la 950 MHz / 4000 punct Hz este suprascrisă. O soluție ar putea fi modificarea frecvenței de dispersie foarte puțin, pentru a permite adăugarea punctului de date.
• Adăugat teste suplimentare pentru a Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Acest lucru se va arăta că reproducerile R2, valorile eff nu este manipulat de bine.
• În funcția de r2eff_read în modulul de date al dispersiei, a adăugat posibilitatea de a citi R2, valorile eff care sunt replicate. Acest lucru se face mai întâi verificarea dacă există cheia de dispersie în R2, dicționarul eff. Dacă există, în continuare se adaugă 0,001 la frecvența până când există o nouă posibilitate. Acest lucru ar trebui să contribuie la procesarea multiplă R2, punctele EFF, ca valori distincte și nu au luat nici o decizie de a le medie.
• Adăugat speranța de a ridica o eroare relaxați-vă, în cazul în care încearcă să complot și nici o informație model este stocat.
• Ridicarea o eroare în cazul în care reprezentarea grafică curbe de dispersie, și nici un model este salvat.
• schimbată script exemplu pentru analiza datelor.
• extinderea testului de sistem Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 pentru a include auto-analiză și se potrivește în cluster. Acest lucru ar trebui să arate că analiza este acum posibilă.
• A adăugat o stare temporară și un script pentru configurarea GUI pentru datele Paul Schanda.
• Sa adăugat testul Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Acest lucru se va arăta că încărcarea unui stat va crea o problemă. Traceback (apel cele mai recente ultima): TypeError:. Int () argument trebuie să fie un șir de caractere sau un număr, nu "NoneType"
• Adăugat un script eșantion pentru datele de relaxare recalculați înapoi de la un free-model de fișier rezultate. Acest lucru este util atunci când fișierul cu rezultate nu este modelul final, deoarece acestea fișier rezultate nu conțin datele calculate-back. Acest lucru este ca răspuns la sprijinul Christina Møller cerere # 3303.
• Utilizarea lib.float.isNaN lui Gary () în loc de math.isnan (), pentru a avea în spate compatibilitatea cu Python 2.5.
• Fix pentru Greșeală și documentarea noului comportament al relax_disp.r2eff_read, atunci când citirea R2, punctele eff cu aceeași frecvență. În cazul în care spin-containerul conține deja R2, valorile eff cu "frecvența impulsului CPMG" sau "intensitatea câmpului electromagnetic spin-lock", frecvența va fi modificată printr-o valoare infima mică de + 0,001 Hz. Acest lucru permite duplicate sau mai multe din aceeași frecvență.
• Modificarea obiectului structural intern care să fie mai puțin influențate de formatul PPB. Numărul de serie PPB este acum în mod inteligent manipulate, în sensul că acesta este resetat la 1 atunci când este creat un nou model. Aceste informații sunt încă păstrate pentru susținerea logica citirii înregistrărilor Conect, și vor fi eliminate în viitor. Informațiile privind lanțul ID-ul nu mai este acum stocat în obiectul structurale interne, deoarece această informație este recreat de funcția de utilizator structure.write_pdb bazat pe modul în care a fost creat obiectul structural intern.
• Actualizări pentru clasele de testare și de sistem Noe Structura pentru modificările interne obiect structurale. Numărul de serie poate fi acum resetat, iar informațiile privind lanțul ID-ul nu mai este stocat.
• Adăugat un fișier pentru a testa datele Suite de partajat pentru a ajuta la punerea în aplicare a analizei structurale APC. Acesta este N-domeniu al complexului IQ-utilizat CaM într-o analiză ordine cadru. Este primele 5 structuri de la un apel la funcția de utilizator frame_order.distribute, cu diferite rigide-au fuzionat din nou împreună într-o singură moleculă.
• Crearea sfârșitul funcției față de utilizator structure.pca. Acest lucru este în prezent modelat pe cadrul funcției de utilizator structure.rmsd.
• Implementarea de bază a funcției de utilizator structure.pca back-end. Acesta este noul pca () Funcția modulului pipe_control.structure.main. Se efectuează pur și simplu unele verificări, asamblează coordonatele atomice, iar pasele de control pentru funcția de a vă relaxa pca_analysis bibliotecă () a modulului lib.structure.pca în prezent neimplementat.
• parțial pusă în aplicare a analizei APC în bibliotecă se pot relaxa. Aceasta este pentru noua funcție de utilizator structure.pca. Modulul lib.structure.pca a fost creat și funcția pca_analysis (), creată pentru a calcula matricea structurii covarianta, prin intermediul funcției calc_covariance_matrix (), iar apoi se calculează și valorile proprii ale matricei vectorilor proprii de covarianță, sortarea lor și trunchierea către cele număr dorit de moduri PCA.
• adaugă algoritmul și num_modes argumentele funcției de utilizator structure.pca. Acestea sunt trecute tot drumul în bibliotecă se pot relaxa backend.
• Implementarea algoritmului SVD pentru analiza PCA în bibliotecă se pot relaxa. Acest lucru necesită pur și simplu numpy.linalg.svd ().
• Analiza PCA în bibliotecă se pot relaxa calculeaza acum pe structura de-a lungul proiecțiilor PC-urilor.
• Funcția de analiză PCA în bibliotecă se pot relaxa se întoarce acum date. Aceasta include valorile APC și a vectorilor, precum și proiecțiile pe structura produsului.
• Valorile APC și a vectorilor, precum și proiecțiile pe structura sunt acum stocate. Acest lucru este în funcție de utilizator backend structure.pca în modulul pipe_control.structure.main.
• Adăugat formatul și argumentele dir la funcția de utilizator structure.pca. Acest lucru este de partea din față și din spate se termină.
• a modificat assemble_structural_coordinates () metoda pentru a reveni la mai multe informații. Aceasta este din modulul pipe_control.structure.main. Listele Argumentul Boolean este acum acceptat, care va determina funcția de a reveni în plus lista ID obiect pe moleculă, lista numărul de model pe moleculă, iar lista cu denumirea moleculei per moleculă.
• Funcția de utilizator creează acum structure.pca grafice ale proiecțiilor PC. Aceasta include PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3, etc.
• Adăugat rezultatele Gromacs PCA pentru fișierul distribution.pdb. Aceasta include un script utilizat pentru a executa toate părțile Gromacs și toate fișierele de ieșire.
• Actualizarea rezultatelor Gromacs PCA pentru cea mai nouă versiune 5.1.1 Gromacs.
• Crearea unui test inițial sistem Structure.test_pca. Acest lucru execută noua funcție de utilizator structure.pca, și verifică dacă datele sunt stocate în cdp.structure.
• Improved graficele din backend funcției utilizator structure.pca. Graficele sunt acum grupate astfel încât diferite modele ale aceleiași structuri din aceeași conductă de date sunt într-un singur set grafic. Antetul grafic a fost de asemenea îmbunătățit.
• Expanded controalele sistem de testare Structure.test_pca pentru a compara cu valorile din Gromacs.
• O structură medie ponderată poate fi acum calculată. Aceasta este pentru funcția calc_mean_structure () a modulului de relaxare lib.structure.statistics bibliotecă. Greutățile pot fi acum furnizate pentru fiecare structură care să permită o medie ponderată care urmează să fie calculat și returnat.
• Adăugat suport pentru structurile de observare în funcția de utilizator structure.pca. Acest lucru permite un subset al structurilor folosite în analiza PC pentru a avea greutate zero, astfel încât aceste structuri pot fi utilizate în scopuri comparative. Cei obs_pipes, obs_models și obs_molecules argumentele au fost adăugate la capătul din față funcția de utilizator. Backend folosește acest lucru pentru a crea o serie de greutăți pentru fiecare structură. Iar funcțiile lib.structure.pca folosesc ponderile zero pentru a elimina structurile de observare din calcule modul PC.
• Crearea sistemului Structure.test_pca_observers testul. Aceasta este pentru testarea noului concept structuri de observare a funcției de utilizator structure.pca.
• Improved documentele imprimate din analiza componentelor se pot relaxa principiu de bibliotecă. Aceasta este funcția pca_analysis () a modulului lib.structure.pca.
• Corecții și îmbunătățiri pentru graficele produse de funcția de utilizator structure.pca. Diferitele seturi sunt acum corect create, iar acum sunt etichetate în parcelele.
• Adăugarea unui script de testare deploy, pentru o implementare rapidă pe Google Cloud Computing. Aceasta este pentru o instalați în Ubuntu sunt destinate 14.04 LTS.
• Extinderea script-ul pentru instalare.
• Punerea instalarea în funcții în script-urilor.
• Divizarea implementați script-ul în mai multe funcții mici.
• Adăugarea de declarații de verificare pentru a instala script-ul.
• Când aprovizionarea cu script-uri, mai multe funcții pot fi efectuate in loc.
• Adăugat spații pentru a instala script-ul pentru o mai bună imprimare.
• Adăugarea unui script tutorial.
• Adăugarea 2 script-uri tutorial.
• Fix pentru mici de eroare de spin ID-ul în script tutorial.
• Crearea unui sistem de testare pentru prinderea bug # 24131, eșecul de export BMRB atunci când obiectul SpinContainer nu are nici un atribut S2, astfel cum a fost raportate de către Martin Ballaschk.
• Modificarea sistemului testului Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition pentru a verifica RelaxError. Rezultatele testelor într-un RelaxError, deoarece fișierul rezultat nu conține rotiri selectate.
• Sa adăugat testul sistemului Mf.test_bug_24131_missing_interaction pentru a prinde o altă problemă. Aceasta este o parte din bug # 24131, eșecul de export BMRB cu obiectul SpinContainer are nici o valoare S2. Cu toate acestea, remedierea anterioară de a sări peste spini nebifate a introdus o nouă problemă de relaxați-vă încă în căutarea interacțiunilor interatomice pentru acea rotire deselectat.
• Remedieri de erori:
• titluri replicate in versiunea HTML a manualului, se pot relaxa și, prin urmare, reproduse nume de fișiere HTML suprascriere secțiuni anterioare, au fost eliminate.
• Fix pentru bug # 23933, de "NameError: nume la nivel mondial" ID-uri "nu este definit" problemă la încărcarea de date de relaxare. Bug-ul a fost introdus din nou în noiembrie 2014, și se datorează unor cod de eroare de manipulare incompletă. Problema este că tipul de spin că datele de relaxare aparține (@N vs @H) nu a fost specificat. Acum, RelaxMultiSpinIDError corectă este ridicată. Variabila id-uri nu exista. - Era un cod care a fost planificat să fie adăugat, dar nu a fost niciodată și a fost uitată
• Fix pentru CSA ecuația constantă în liberă model capitolul al manualului. Acest lucru a fost reperat de Christina Moller și a raportat-utilizatorilor relaxa lista de discuții.
• Bug fix pentru stocarea obiectului structural XML în fișierele de stat și rezultate. Anterior, orice obiecte adăugate la cdp.structure (sau orice alt obiect structură), nu s-ar fi salvat prin metoda to_xml obiect structural () cu excepția cazului în funcția este modificată în mod explicit pentru a stoca acel obiect. Acum, toate obiectele prezente vor fi convertite în XML.
• Fix pentru analiza de dispersie de relaxare în GUI, așa cum a prins prin testul Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Atunci când încărcați dintr-un fișier de stat script, valoarea Nimeni nu poate fi prezentă. Acest lucru este acum setat la valorile standard.
• Fix pentru funcționare se pot relaxa la un server cu nici un afișaj grafic și folosind matplotlib. Eroarea a fost găsită cu testul de sistem Relax_disp.test_repeat_cpmg. Iar eroarea a fost generata: QXcbConnection: Nu se poate conecta pentru a afișa. Avortat (miez fac obiectul unui dumping). Backend de matplotlib trebuie să fie schimbat. Acest lucru este, de exemplu, s-a descris în: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display și http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Modificarea comportamentul bmrb.write backend funcția de utilizator pentru o analiză liber model (fix pentru bug # 24131). Acest lucru este în metoda bmrb_write () a free-model de analiza API. rotiri nebifate sunt acum omise și o verificare a fost adăugat pentru a fi siguri că datele de spin a fost asamblat.
• Un alt remediu pentru bug # 24131, eșecul de export BMRB atunci când obiectul SpinContainer nu are nici un atribut S2. Acum, nu există date stocate în fișierul BMRB în cazul în care un model de liber-model nu a fost configurat pentru spin. Acest lucru permite suita de teste pentru a trece.
• Bug fix pentru a permite testul sistemului Mf.test_bug_24131_missing_interaction să treacă. Aceasta este o parte din bug # 24131, eșecul de export BMRB cu obiectul SpinContainer are nici o valoare S2. Problema a fost la asamblarea datelor de difuzie Tensor. Functia de spin_loop () era numit, ca tensorul de difuzie este raportată pentru toate reziduurile. Prin urmare, skip_desel = Adevărat a fost adăugat pentru a se potrivi cu modelul liber-o parte.

Ce este nou în versiunea 4.0.0:

• Caracteristici:
• Punerea în aplicare finală, completă și corectă a teoriei comanda cadru pentru a studia mișcările corpului rigide. Aceasta este în prezent pentru analiza datelor RDC și PC-uri de la sistemele aliniate pe plan intern.
• Modificări:
• Eliminarea funcției de utilizator frame_order.average_position și toate codul backend asociat. Această funcție de utilizator permis utilizatorului să specifice cinci tipuri diferite de deplasare în poziția medie a domeniului în mișcare: o rotație pură, fără nici o translație, despre pivotul mișcării în sistem; o rotație în jurul pivotul mișcării sistemului, împreună cu o traducere; o traducere pură, fără rotație; o rotație în jurul centrului de masă al domeniului în mișcare, fără traducere; o rotație în jurul centrului de masă al domeniului se deplasează împreună cu o traducere. Acum, ultima opțiune va fi implicit și singura opțiune. Această opțiune este echivalentă cu algoritmul standard de suprapunere (algoritmul Kabsch) la o structură ipotetică în poziția medie reală. Celelalte patru se datorează istoria dezvoltării teoriei. Acestea limita utilitatea teoriei și va provoca doar confuzie.
• Curățarea de ordine cadru funcția de cod țintă. Acest lucru se potrivește cu schimbarea anterioară a eliminării funcției de utilizator frame_order.average_position. Modificările includ eliminarea steagului de optimizare de traducere pe care acest lucru este acum realizată întotdeauna, iar îndepărtarea steagului care determină punctul mediu de rotație domeniu pivot pentru a se potrivi cu punctul pivot motional, deoarece acestea sunt acum decuplate permanent.
• ordonarea alfabetică a funcțiilor în modulul lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• Eliminată toate modelele "linia" ordine cadru, deoarece acestea nu sunt puse în aplicare încă. Acesta este doar codul de frontend -. Backend nu există
• Actualizarea izotrop con optimizare CaM test model comanda cadru script. Din cauza tuturor modificărilor în analiza ordinului cadru, script-ul vechi nu mai este funcțional a fost.
• Crearea unui script pentru modelele de testare comanda cadru CaM pentru a găsi poziția medie de domeniu. Pe măsură ce rotația în jurul unui pivot fix a fost eliminată, trecerea de la 1J7P_1st_NH_rot.pdb la 1J7P_1st_NH.pdb trebuie să fie transformată într-o traducere și rotație în jurul CoM. Acest script va fi utilizat pentru a înlocui rotirea cu pivot Euler unghiuri cu vectorul de translație și de rotație a unghiurilor Euler CoM. Cu toate acestea, funcția de utilizator structure.superimpose va trebui să fie modificate pentru a gestiona atât suprapunerea centroida standard, precum și o Suprapunerea Primarilor.
• Actualizarea cadrului CaM de testare comanda script model de suprapunere. Functia de utilizator structure.superimpose este numit acum corect. Fișierul de jurnal de ieșire a fost adăugat la magazia deoarece conține corect traducerea și Euler informațiile de rotație necesare pentru modelele de test.
• actualizare Parametru pentru izotrop con CaM script-ul de optimizare a modelului de testare comanda cadru. Euler unghiuri de rotație în jurul pivotului motional au fost înlocuite cu vectorul de translație și unghiul de rotație Euler parametrii Primarilor.
• Fix pentru un număr de modele de ordine cadru, care nu au constrângeri de parametri. Functia de linear_constraint () a fost revenirea A, b = [], [] pentru aceste modele, dar aceste matrice NumPy goale provocau biblioteca minfx să eșueze. Aceste valori sunt acum prinse și algoritmul de constrângere oprit în a minimiza () metoda API specifice.
• Creșterea preciziei tuturor datelor din script-ul de test, pentru baza de generare de date cadru camă. Acestea toate au fost convertite din float16 la float64 tipuri de NumPy.
• Fix pentru setarea RDC eroare în script de test, pentru baza de generare de date cadru camă. Structura de date rdc_err se află în containere de date interatomice, nici containerele de spin.
• Modificarea părții structurii de încărcare a script-ul bazei de generare de date comanda cadru camă. Structurile sunt acum încărcate numai în cazul în care este setat pavilion DIST_PDB, deoarece acestea sunt folosite numai pentru generarea distribuției 3D a structurilor. Aceasta salvează o mulțime de timp și memoria calculatorului.
• SpeedUp imens de script-ul de bază de generare a datelor de testare comanda cadru camă. Prin utilizarea matrici multidimensionale NumPy pentru a stoca pozițiile atomice și vectorii de unități ale tuturor XH rotiri, și efectuarea rotațiile pe aceste structuri folosind numpy.tensordot (), calculele sunt acum un factor de 10 de ori mai rapid. Contorul de progres a trebuit să fie schimbat pentru a arăta la 1000, mai degrabă decât de 100 de iterații. Rotațiile pozițiilor și vectorii sunt acum efectuate secvențial, stabilind în mod accidental un bug cu modelele duble de mișcare (adică modelul "dublu rotor").
• Modificarea testului comandă script bază de generare de date cadru CaM pentru a conserva memoria RAM de calculator. Vectorul și a structurilor de date XH poziției atomice pentru toate rotațiile N sunt acum de numpy.float32, mai degrabă decât de tip numpy.float64. Principala modificare este de a calcula medii și în medie CDR PCSS separat, ștergerea structurilor de date N gabarite o dată fișierele de date sunt scrise.
• reproiectare completă a generării de date comanda script-ul de bază pentru cadru CaM de viteză și economii de memorie. Cu toate că vectorul rotit și codul de obligațiuni XH poziție atomică a fost foarte rapid, cantitatea de memorie necesară pentru stocarea acestora în containerele de spin și containerele de date interatomice a fost foarte mare atunci când N & gt; 1E6. Cei rdc.back_calc și utilizator pcs.back_calc ulterioare apeluri de funcții ar lua, de asemenea, mult prea mult timp. Prin urmare, script-ul de bază a fost reproiectat. Metoda _create_distribution () a fost împărțit în patru: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), și _pipe_setup (). Metoda _pipe_setup () este chemat mai întâi să configurați conducta de date cu toate datele necesare. Apoi _calculate_rdc () și _calculate_pcs () metode, și în cele din urmă _create_distribution () în cazul în pavilion DIST_PDB este setat. Apelurile către funcțiile de utilizator și rdc.back_calc pcs.back_calc au fost eliminate. În schimb, _calculate_rdc () și _calculate_pcs () metode de calculare a RDC și PCS în medie pe ei înșiși ca NumPy structuri de matrice. Mai degrabă decât stocarea vectorilor alterna și structuri de date pozitiile atomice imens, și CRD PCSS sunt însumate. Acestea sunt apoi împărțite de către self.N la sfârșitul anului, în medie, valorile. În comparație cu vechiul cod, atunci când N este setat la 20 de milioane de utilizare RAM scade de la ~ 20 GB la ~ 65 MB. Timpul total de rulări a scăzut, de asemenea, pe un sistem de la câteva zile la câteva ore (un ordin sau două de mărime).
• S-a modificat actualizarea contorului progresul pentru script-ul de test, pentru baza de generare de date cadru camă. Filator a fost mult prea repede, actualizarea la fiecare 5 trepte, și este actualizat acum fiecare 250. Și numărul total este acum doar tipărite fiecare 10.000 de pasi.
• Îmbunătățirile aduse indicatorului de progres pentru scenariul de bază generarea de date de testare comanda cadru camă. Virgulele sunt acum tipărite între miile și numerele sunt acum dreptul justificate.
• Creștere mare în acuratețea RDC și PCS medierea. Aceasta este pentru script-ul de bază generarea de date de testare comanda cadru camă. Prin însumarea și PCSS în CDR 1D (tablouri numpy.float128 pentru acest lucru, este necesar un sistem pe 64 de biți), și apoi împărțirea de N la sfârșitul anului, valoarea medie poate fi calculată cu o precizie mult mai mare. N Așa cum devine mai mare, ceea ce privește calculul numeric introduce cantități mai mari și mai mari de artefacte trunchiere. Așa că această schimbare alleviates acest lucru.
• Fix pentru RDC și PCS în script medie de comandă pentru test baza de generare de date cadru camă. Pentru modelul cu rotor dublu, sau orice alt model multiplu mod locomotorii, a fost stabilirea mediei incorecte. In loc de divizare prin N, valorile trebuie să fie împărțită la N ^ M, unde M este numărul de moduri dinamice.
• creștere enormă a preciziei pentru CaM de comandă cadru gratuit rotor datele de testare model. Precizia mai mare se datorează faptului că structurile de număr în distribuția este acum douăzeci de milioane, mai degrabă decât un milion, și a fost folosit cu mult mai mare precizie numpy.float128 mediei de script-ul de bază de date actualizate generație. Aceste date ar trebui să permită o mai bună estimare a valorilor parametrului de poziție beta și gamma domeniu mediu pentru modelele rotorului libere, care sunt afectate de prăbușirea parametrului alfa la zero.
• creștere enormă a preciziei pentru CaM de comandă cadru dublu rotor date de testare model. Precizia mai mare se datorează faptului că structurile de număr în distribuția este acum peste douăzeci de milioane (4500 ^ 2), mai degrabă decât un sfert de milion (500 ^ 2). Și mult mai mare precizie numpy.float128 mediei de script-ul de bază de date actualizate de generare a fost folosit.

• Modificări:



• Remedieri de erori:

• Caracteristici:















• Modificări:












































































































I.E.

Ce este nou în versiunea 3.3.4:

• Caracteristici:






• Modificări:






































































• Remedieri de erori:

• Caracteristici:








• Modificări:





















































• Remedieri de erori:

• Caracteristici:








• Modificări:








































































































































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 3.3.1:

• Modificări:












































































































































































































































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 3.3.0:

• Caracteristici:



















• Modificări:

Ce este nou în versiunea 3.1.5:

• Modificări:




• Remedieri de erori:

• Caracteristici:




• Modificări:
























• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 3.1.3:

• Modificări:

Ce este nou în versiunea 3.1.2:

• Modificări:













• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 3.1.1:

• Caracteristici:













• Modificări:

• Caracteristici:






























• Modificări:


































































- & Gt;

Ce este nou în versiunea 3.0.2:

• Caracteristici:




• Modificări:























































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 3.0.1:

• Caracteristici:






• Modificări:







































































































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 3.0.0:

• Caracteristici:





















• Modificări:





























































































































































































































































































































• Remedieri de erori:

• Caracteristici:







• Modificări:










































• Remedieri de erori:

• Caracteristici:


• Modificări:

Ce este nou în versiunea 2.2.3:

• Caracteristici:









• Modificări:














































































































































• Remedieri de erori:

• Caracteristici:


• Modificări:


























• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 2.2.1:

• Modificări:









• Remedieri de erori:

• Caracteristici:













• Modificări:




















































































































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 2.1.2:

• Caracteristici:





• Modificări:

Ce este nou în versiunea 2.1.1:

• Caracteristici:










• Modificări:


















































































































































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 2.1.0:

• Caracteristici:





• Modificări:




































































































































• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 2.0.0:

• Caracteristici:





















• Modificări:

Ce este nou în versiunea 1.3.16:

Ce este nou în versiunea 1.3.15:

• Caracteristici:


• Modificări:


• Remedieri de erori:

Ce este nou în versiunea 1.3.9:

Ce este nou în versiunea 1.3.8:

Ce este nou în versiunea 1.3.6:

Cerințe :

• Python