SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter este un instrument grafic Python la interactiv segment stive de imagini de celule din țesut cu margine-etichete & nbsp (aka contururi albe.);. Interacțiunile se bazează în întregime pe editarea de semințe, care la rândul lor sunt extinse de un moment de cotitură algoritm. Diferența majoră dintre SWS și alte instrumente este că puteți plasa mai mult de o sămânță pe celulă pe care vă pot ajuta să se adapteze limitele de celule dificile.
SWS este construit pe partea de sus a wxPython, matplotlib, NumPy, scipy, și mahotas.
În esența sa, foloseste un algoritm de cotitură-fulger rapid (datorită proiectului mahotas) și permite actualizări în timp real. Acesta are un simplu (dacă aglomerat) UI și este pe deplin interactiv, chiar inclusiv 1 nivel anulează.
Publicația despre SWS, care oferă toate aceste detalii și mai mult în Citometrie Partea A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Codul sursă este reflectat de patru arhive și la PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- BitBucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Pagina de cod Google are, de asemenea, unele versiuni binare (http://code.google.com/p/seedwater/) care ar trebui să lucreze pe 32 de biți pentru Windows sau 64-bit Linux, dar acestea sunt acum vechi. Va rugam sa folositi metoda "easy_install" acum.
Pentru mai multe detalii, a se vedea Python Instalarea manual de 20XX.txt Ați putea dori, de asemenea să citiți manualul: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
Instalarea și alergare
Instalarea este în sfârșit ușor!
De fapt, puteți acum "easy_install SeedWaterSegmenter"
Instrucțiuni rapide:
Ferestre / Mac:
& Nbsp; Instalare Enthought Python Distribuție http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-NumPy-python scipy python-matplotlib python-imagistica python-xlrd python-xlwt
Într-o fereastră cmd (trebuie să ruleze ca administrator sub Windows Vista / 7) sau Terminal (Mac / Linux), rulați:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Instructiuni detaliate:
Cea mai recentă versiune se numește:
"Python Instalați manual de 2012.txt August"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Instalați manual de 2012.txt august

Cerințe :

< li> Python