NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit oferă biblioteci gratuite, portabile, Public Domain fără restricții folosi. Acesta funcționează pe Unix, MS Windows, iar platformele Mac OS:
ย ท rețele și inter-comunicare (IPC) bibliotecă cu adaptoare iostream
ย ท multithreading Biblioteca
ย ท CGI și Fast-CGI Library
ย ท HTML Generation Biblioteca
ย ท Baza de date SQL Access Biblioteca
ย ท C ++ bibliotecă înveliș pentru BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adaptor / balotat Biblioteca
ย ท GZIP și BZ2 C ++ balotat Biblioteca cu adaptoare iostream
ย ท ASN.1 și XML serializare Biblioteca cu C ++ Codul Generator Tool (datatool)
ย ท Data și ora Biblioteca
ย ท de fișiere de sistem de funcții Biblioteca
ย ท Command-Line Argument, configurare și de prelucrare Biblioteca de Mediu
ย ท Sequence Alignment Algoritmi Biblioteca
ย ท Biblioteca BLAST Motor
ย ท biologică Secvențe de preluare și procesare Biblioteca
ย ท biblioteci FLTK portabile și GUI bazat OpenGL și grafice
În plus cele de mai sus, există o mulțime de biblioteci mai utile, atat pentru uz general și legate de biotehnologie, care sunt dezvoltate în mod constant, întreținute și utilizate în producția de viața reală de sute de Web si aplicatii standalone și programatori lor (de asemenea numărate în sute).
Dacă sunteți un dezvoltator C ++, veți găsi natura portabil bibliotecilor foarte utili în construirea de aplicații cross-platform, chiar dacă nu au prea mult interes în bioinformatică. Bibliotecile, cum ar fi cele pentru CGI / Fast CGI-, HTML, Networking, SQL baze de date Access, ASN.1 și serializarea XML au caracter destul de general și pot fi folosite într-o varietate de aplicații în afara domeniului problema Bioinformatica.
C ++ Toolkit suferă de dezvoltare activ cu bibliotecile fiind construit în fiecare noapte. Codul sursă este disponibil gratuit prin intermediul FTP și CVS. Documentația pentru setul de instrumente C ++ este disponibil on-line în format NCBI Raft și, de asemenea, cărți descărcate în format Acrobat lui PDF

Ce este nou în această versiune:.

• Caracteristici principale:
• Adăugat LDS2 (localitate de stocare a datelor V.2) care se bazează pe SQLite3, are noi caracteristici și performanțe mai bune. De asemenea, a implementat LDS2 încărcător de date pentru a utiliza LDS2 din Object Manager.
• XmlWrapp -aceasta convenabil API manipulare XML a fost cea mai mare parte finit (și chiar lustruite).
• Implementarea tunel și autorizare a conexiunilor HTTP și tunelare de prize sigure, prin proxy-uri HTTP.
• CFormatGuess permite acum distincția între GTF, GFF3, și GFF2. E o schimbare eventual rupere. Pentru mai multe detalii vezi mai jos.
• componente majore implementate ale CFeatTree, clasa a organiza caracteristici definite pe o secvență biologic într-o ierarhie care reflectă relațiile lor părinte-copil (bazat pe subtipuri caracteristici).
• CORELIB:
• Implementarea conversie-locale independente de șir să se dubleze și spate; biblioteci de bază modificate să-l folosească.
• NSTR :: Justify () - pentru formatarea de paragrafe de text
.
• CNcbiApplication - face FindProgramExecutablePath static, și mai robust; adăuga un nivel superior metodă GetAppName statică. Uita-te pentru fișiere de configurare la nivel mondial în mai multe cazuri.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nouă metodă expunerea logica a determina care fișier (dacă este cazul) pentru a încărca
• CEnvironmentCleaner -. Noua clasa de a se debarasa variabilele de mediu nedorite
• CFileIO - înapoi la comportamentul inițial:. Nu închideți mânerul fișier dacă este atribuit prin SetFileHandle ()
• SERIAL:
• serializare a obiectelor de date AnyContent - fix să recunoască și corespunzător proces atribute în valorile lor
.
• corectat citirea de date XML pentru a atribui o valoare implicită element de când nu are continut.
• Adăugat suport pentru secvențe de elemente, în cazul în care elementul are o valoare implicită.
• DATATOOL:
• generare cod Corectat de:
• obiecte de date ALEGERE;
• tipuri de date binare cu proprietăți.
• conversie rectificat de valori de tip duble de a păstra cifre mai importante.
• CONNECT:
• opțiune Adaugata soclu Keepalive (fSOCK_KeepAlive).
• Adăugat NCBI încercare de conectivitate (CConnTest).
• utilitarul:
• g_FindDataFile -. Noua funcție pentru localizarea fișierelor de date în (configurabile) de localități forfetare
• CChecksumStreamWriter -. Nouă clasă pentru a calcula suma de control a datelor scrise de un flux
• g_GZip_ScanForChunks () - nou API, pentru a interoga posturi streaming comprimate. Adaugata de punere în aplicare pentru a obține posturi pentru diferite gzip fișiere din interiorul dosar gzip concatenate.
• manipulatori streaming Adaugata de compresie / decompresie (include / util / compresa / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (utila / format_guess. {H / c} pp) actualizat, cu o schimbare eventual rupere. Scopul este de a permite CFormatGuess să se facă distincția între GTF, GFF3, și GFF2. În prezent, acesta bulgări toate aceste formate într-o singură valoare "eGtf". Valoarea veche "eGtf" (3) se înlocuiește cu 'eGtf_POISONED ", și nu vor fi returnate din nou. Noua valoare pentru "eGtf" (21) va însemna un dosar care trebuie citit cu CGtfReader (objtools / cititori / gtf_reader.hpp). Noua valoare "eGff3" (22) este pentru fișierele menite să fie citit cu CGff3Reader (objtools / cititori / gff3_reader.hpp), și "eGff2" (24) este pentru fișierele menite să fie citit cu CGff2Reader (includ / objtools / cititoare /gff2_reader.hpp)
• BIO-obiecte:
• CBioseq :: GetNonLocalId - metodă nouă pentru a ajuta la secvențe de locuri importate din fișiere FASTA cu specificații rază de mai context; înfășurat de CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (de asemenea nou).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Punerea în aplicare sau îmbunătăți recunoașterea pentru mai multe prefixe (GA, HH, HI, HO-HU, JA-jo, EAAA-EZZZ, și IAA-Izz, unele dintre care corespund noua posibilitate de DDBJ TPA date WGS) și-, în mixte TPA aderări de proteine ​​(mai ales de la EMBL, dar unele din GenBank prea).
• distincția aderări masterat WGS de un nou pic steag. Relaxați-vă logică supra-strict recunoaștere PDB.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Noua funcționalitate pentru lucrul cu identificatori secvență text simplu, luat din CFastaReader și generalizate oarecum
• SSeqIdRange - tip nou (complet cu parser și on-the-fly & quot; iterator & quot;), pentru a lucra cu intervale Seq-id, cum prezentă în unele modificatori sursa FASTA defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - accepta Opțional titluri personalizate pentru secvențe unice. Tag intervale negativ, strand cu "conducere c lui.

.
• CFastaReader - Suport intervale negativ-Strand și stil defline compact sintaxa gol Sequin lui (? & Quot; & gt; N & quot; unde N este un număr, sau & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Adaugata de linie de comandă -num_domain_hits opțiune care limitează numărul de domenii conservate pe secventa utilizat în calculul constrângeri de aliniere.
• arborilor filogenetici:
• Adaugata interfață de nivel superior de calcul copac filogenetic din aliniamentele de secvență (de exemplu BLAST și rezultatele COBALT). Clasa CPhyTreeCalc calculează copac filogenetic, iar CPhyTreeFormater imprimă copac în format Newick și Nexus.

BIBLIOTECI
• BIO-OBIECT:
• CheckNumRows implementate () și alte metode pentru aliniamente rare.
• Pentru a reduce amprenta de memorie: adăugat citit-cârlige pentru a reduce memorie utilizat de aliniamente după deserializarea; Na-strand juca acum un octet de memorie în cazul în care este posibil; Alegere Score.value este acum încorporat în CScore.
• Profitați de aderare la CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-OBIECTUL MANAGER:
• Metode de absorbante Adăugat de câmpuri boolean în CTableFieldHandle.
• Adăugat GetBestGeneForFeat () pe baza CFeatTree.
• Implementarea GetBestOverlappingFeat () pe CFeatTree.
• Adaugata rapid cscope :: GetTaxid ().
• Implementat de încărcare în vrac pentru ACC / ver, gi, etichetă, și taxid.
• Adăugat lacune de lungime zero, verificați pentru a CSeqMap și CSeqVector.
• Implementarea GetLength () și GetCoverage () pentru locuri de obligatiuni.
• Îmbunătățiri:
• metodă ajutor Adaugata pentru a umple CFeatTree pe locație.
• accelerat cartografiere de locații simplu CSeq_loc_mix în CFeat_CI.
• sortare stricte de caracteristici în CFeat_CI pentru a evita ambiguități.
• getters CSeq_feat_Handle acum lucrează cu Seq-masă are prea.
• caracteristici Seq-masă sprijini acum domenii de utilizare multi-nivel.
• Non Seq-feat Seq mese sunt acum recunoscute chiar dacă sunt localizate în bucată Split.
• accelerat CBioseq_Handle :: AddId ().
• Optimizat cscope :: AttachXxx ().
• Suport divizare a numit adnotare.
• CSeqVector și CSeqVector_CI lui CanGetRange () întoarce acum fals în loc de a arunca o excepție.
• Permiteți pentru a specifica cum să se ocupe cu mânere existente în ResetHistory ().
• Optimizat re-parenting, dacă mai multe caracteristici sunt adăugate la CFeatTree.
• Adaugata posibilitatea de a depana cscope crearea / ștergere.
• Numeroase modificări la C ++ funcționa curatare să imite funcționalitatea de curățare care există deja în C. Mai este încă mult de lucru să fie făcut cu BasicCleanup, dar s-au înregistrat progrese semnificative. Micul lucru a fost făcut pentru ExtendedCleanup ca a încă.
• CSeq_loc_Mapper pot acum fi initializat cu un GC-montaj.
• Remedii erori:
• cartografiere fixă ​​de locații mix de pe strand minus în CFeat_CI.
• Numeroase stabilește în modul CFeatTree leagă unele facilitati.
• Mai multe tipuri de remedii fir de siguranță.
• greșeli fixă ​​prevenirea adaugarea aliniază și grafice pentru CSeq_annot_EditHandle.
• de salvgardare împotriva excepții, atunci când sortarea caracteristici în CFeat_CI.
• GENBANK DATE LOADER:
• inregistrat HPRD adnotări externe.
• Adaugata opțional param exclude_wgs_master în cititori pubseqos / pubseqos2.
• Implementat de încărcare în vrac pentru ACC / ver, gi, etichetă, și taxid.
• Adăugat CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Îmbunătățirea:
• Utilizarea vrac cereri de încărcare în cscope :: GetBioseqHandles ().
• statisticile cititor separate pe tipuri de pete încărcate.
• timestamp Adăugat la mesajele de depanare GenBank.
• Utilizați IConnValidator pentru deschiderea conexiuni PubSeqOS.
• Adaugata split-versiune a cererilor bucată și subchei bucată din GenBank cache pentru a evita folosirea bucati greșite atunci când starea pată de despicat este schimbat în ID-ul.
• Adăugat secundare nume param mai puțin confuz pentru open time-out.
• Nu multiplica reîncerca Numar de numărul de conexiuni.
• TEST OBIECTUL Manager și DEMO APLICATII:
• id2_fetch_simple -. Adăugat opțiuni -id pentru arbitrare Seq-id lui
• test_bulkinfo -. Noua aplicatie de testare
• FASTA:
• C ++ funcționa tabel caracteristică a fost făcut mai funcțional, cum ar fi pentru o parte a proiectului BankIt.
• asn2flat utilitate
• număr foarte mare de modificări flatfile formatorului pentru ao aduce mult mai aproape de stat pentru a elibera-gata (eventual eliberați gata în acest moment, deși există în continuare unele probleme relativ minore).
• XMLWRAPP:
• eroare de segmentare fixă ​​în caz de a lua o trimitere la expresie XPath de funcționare rezultate.
• Adaugata ajutoare pentru a obține ID publice, ID-ul de sistem și numele DTD pentru subgrupuri externe și interne.
• metode Adăugat să căutare atributele nodului.
• executare fixă ​​de expresie XPath:. Începe acum de la nodul dat
• fix căutarea atribute (inclusiv implicit), atunci când este prevăzut un spațiu de nume.
• Adăugat capacitatea de a rula expresie XPath fără necesitatea de a înregistra spații de nume explicit.
• Adăugat capacitatea de a oferi containere de colectare avertismentele și erorile în timp ce parsarea documentelor.
• Adăugat capacitatea de a modifica valorile și spații de nume de atribute implicite nod lui.
• Adăugat capacitatea de a testa dacă un atribut este implicit.
• Adăugat capacitatea de a introduce sau a scoate atribute, luând în considerare spațiile de nume lor.
• Adăugat capacitatea de a se dezbrace declarație XML când este salvat un document.
• WindowMasker:
• Adaugata un format de intrare nou, & quot; & quot ;; seqids cu acest format de intrare, intrarea este un fișier care conține o secvență id pe fiecare linie, iar algoritmul folosește Bio-obiect Manager pentru a căuta secvențele.
• Adaugata o nouă clasă CWinMaskConfig, pentru stocarea toți parametrii de configurare WindowMasker. Clasa poate fi folosit pentru a adăuga argumentele de linie de comandă necesare pentru a CArgDescriptions, iar apoi obține parametrii de configurare din argumentele de linie de comandă.
• CADRU BUILD (UNIX):
• Interpretarea caietul de sarcini de linie de comandă de APP_PROJ sau LIB_PROJ ca un sfat să clar de alte setări * _PROJ nu și prevăzute acolo. (Necesită GNU Fă;. Construieste cu Sun fac să continue să lucreze la fel ca înainte)
• Supply mai multe ținte în subdirectoare:. * _F (Folosind fișiere Make locale plate produse la cerere, ignorând dependențele de alte părți ale arborelui), * _fd (împachetare de nivel superior Makefile.flat), clean_sources și purge_sources
• Configurarea și script-uri de cartier (Compilatoare / Unix / * sh.):
• pavilion Important nou --without-3psw -. A nu folosi cu orice software 3rd-party
• Adăugat un cec de Glew.
• controale îmbunătățite pentru Boost și OpenGL.
• Suport precizând căile de rulare pe Darwin (Mac) sistemele cu toolchains moderne.
• BLAST:
• La Darwin (Mac OS X), să construiască numai pentru procesoare Intel, chiar și în construiește altfel universal din cauza unei limitări PowerPC toolchain.
• Adăugat suport pentru recuperarea NCBI Taxonomie ID-uri pentru care sprijin WindowMasker este disponibil.
• permite specificarea unei secvențe de interogare, împreună cu mai multe fișiere aliniere secvență în psiblast.
• baze de date Adăugat suport greu de mascare.
• baze de date Adaugata moale de mascare pentru căutări traduse.
• Adăugat suport pentru btop (operațiuni BLAST traceback) și de interogare și lungimea subiect în raportul de tabel.
• aplicații de linie de comandă - permite psiblast pentru a căuta mai multe interogări, a adăugat -input_type opțional pentru makeblastdb
• Permiteți folosi cele mai bune hit și XML în modul de blast2sequences.
• performanță îmbunătățită de formatare pentru căutări de la distanță.
• makembindex pot construi acum indice MegaBLAST mascat direct dintr-o bază de date BLAST de nucleotide folosind datele de mascare stocate în baza de date BLAST. Aceasta se realizează prin noul -db_mask opțiune în linia de comandă pentru makembindex. Opțiunea acceptă id-ul întreg algoritmului de filtrare susținută de date BLAST. Opțiunea poate fi aplicată numai în legătură cu -iformat blastdb.
• Pentru a ajuta un utilizator în aflarea ID-uri numerice ale algoritmilor de filtrare sprijinit de o bază de date BLAST, se introduc -show_filters pavilion. Aplicarea steagul cu blastdb -iformat și baze de date BLAST ca o intrare determină makembindex la ieșire o listă de algoritmi de filtrare disponibile și ieșire.
• APLICATII NETCACHE:
• NetCache este refăcut pentru a include următoarele caracteristici:
• o mai bună gestionare a spațiului pe disc;
• de lucru-blocare mai puțin cu pete, a versiunilor este utilizat în locul;
• ascultare multi-port și setările per-client de diferențiere.
• NetCache și ICache API-uri:
• Utilizați Uint8 peste tot dimensiune blob.
• Permiteți regăsire pată parțial.
• protecție cu parolă pată de cerneală Introdus; parolele goale sunt tratate ca o parolă.
• de munca API-uri de nod:
• parametru nou pentru încheiere nodul lucrător cazul în care consumul de memorie depășește limita specificată (parametrul & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• parametru nou pentru încheiere nodul lucrător dacă timp de centrare depășește limita specificată (parametrul & quot; total_time_limit & quot;)
.
• APLICAȚII GRID:
• netscheduled
• Fixed un bug care a cauzat nici un răspuns la comanda coadă ștergere.
• remote_app
• parametru de configurare nou (& quot; tmp_dir & quot;). Pentru a controla modul temporar este generat nume director - pentru a reduce lungimea sa
• Conectați pată erori de scriere.
• netcache_control
• Permiteți regăsire pată parțial.
• New -Eliminați comandă pentru a șterge pete de id-uri lor.
• New -auth parametru pentru a specifica șir de autentificare pentru a utiliza.
• comenzile noi -reconf și -reinit pentru utilizarea de către administratori NetCache.
• netschedule_control
• mod de compatibilitate Enabled pentru a face munca netschedule_control cu ​​noduri lucrătorilor mai în vârstă.
• cgi2rcgi.cgi
• Nu creați un NetCache pată de cerneală gol ca un substituent pentru mesajul progres.
• erori Log Grid care sunt raportate utilizatorului.
• Permiteți spații în parametrul ID de locuri de muncă.
• ieșire de sprijin de informații referitoare la stadiul de locuri de muncă în format JSON.
• Permiteți template-uri HTML personalizat care urmează să fie definite pentru erorile rețea și alte evenimente.
• Adaugata nu-cache antete HTTP pentru a evita punerea în cache a rezultatelor intermediare.
• ncfetch.cgi
• parametru nou pentru a accesa Blobs protejate prin parolă.
• Interpretarea parametru suplimentar & quot; nume de fișier & quot; ca un nume de fișier pentru fișierul descărcat.

Ce este nou în versiunea 31 decembrie 2008:

• Această versiune adaugă o metodă de a calcula coloană specifice pseudocounts în PSI-BLAST.
• Nu refactors biblioteca de servicii de rețea.
• Se adaugă cadru unitate de testare și de eroare de logare pentru toate clasele de fișiere API.
• Se fixează sprijin pthread pe IRIX. Ea îmbunătățește suport de serializare XML.
• Se stabilește sprijin pentru Sybase.
• Se adaugă suport pentru tabelele de căutare mai mici pentru interogări mici.
• Aceasta adaugă un API pentru a prelua statistici încarcatoare GenBank.
• S-a asortat Îmbunătățirile alte, speedups, și rezolvări ale unor probleme.