CLC Main Workbench

Acest demo funcțional de 4 săptămâni pe deplin a CLC combinate Workbench de agregate analizeaza toate secventa de ADN de CLC Gene Workbench si analizeaza toate secventa de proteine ​​de Workbench Protein CLC. Toate analizele sunt complet integrate într-o singură aplicație unică, ușor de utilizat și intuitiv software-ul

Ce este nou în această versiune:.

Îmbunătățiri

• Actualizat lista de enzime de restricție de la rebase. & nbsp;

• Fixed o problemă cu care rulează BLAST pe MACOS Sierra
• link-uri Pfam actualizate. & nbsp; raportate de Pfam instrument de domeniu de căutare
• Fixed o problemă introdusă în & nbsp;.. CLC Main Workbench 7.7.2 în cazul în care au fost lipsesc enzimele enumerate în ordine alfabetică după RdeGBI informații metilarea
• Diverse bugfix minore

Ce este nou în versiunea 7.7.2:

Workflows

ieșiri
• flux de lucru poate fi acum configurată astfel încât subfoldere să conțină ieșirile sunt create.
• New Substituenți sunt disponibile atunci când se definesc numele ieșirilor de flux de lucru: {user}, {gazdă}, iar pentru elementele amprentei de timp a obiectului de ieșire, {an}, {lună}, {zi}, {oră}, {minut}, {} al doilea.
• Placeholders din cadrul numelor de ieșire a fluxului de lucru, care anterior au fost disponibile numai ca cifrele pot fi acum specificate folosind nume scrise: {name} este un sinonim pentru {1} și {} de intrare este un sinonime pentru {2}
.
• 
  

  Când utilizați {2} substituent pentru numirea personalizate în elemente de ieșire a fluxului de lucru, numai intrările deblocate vor fi incluse în numele generat.

  
  
• 
  

  In pdf generat care prezintă toți parametrii configurate de un flux de lucru, intrările pentru parametrii conectat la un instrument sau un element de intrare listă acum numele elementelor definitorii. Anterior, parametrul listari pentru astfel de elemente au fost lăsate goale.

  
  
• 
  

  În cazul în care un nume de instrument a fost modificat într-un flux de lucru, numele original este inclus alături de numele modificat atunci când exportă parametrii fluxului de lucru.

• 
  

  Vederea Istoria elementelor de date create cu ajutorul unui flux de lucru acum include informații despre fluxul de lucru pe care le-a creat.

  
  
• Ordinea instrumentelor din fluxul de lucru "Add Element" meniu se potrivește acum ordinea din meniul Workbench Toolbox.
• de validare Flux de lucru îmbunătățit pentru a ajuta utilizatorul în identificarea factorilor de producție care vor fi ignorate din cauza configurației elementelor de flux de lucru.

& nbsp;

& nbsp;

• Instrumentul de lansare rapidă este acum găsită sub meniul Toolbox în loc de meniul View și un buton numit de lansare, care aduce acest instrument a fost adăugat în bara de instrumente.

• Analizele pot fi acum lansate pe elementele de date enumerate în tabelul cu rezultate ale unui Local Search prin selectarea elementelor de interes, click dreapta cu mouse-ul și navigarea prin meniul contextual care apare.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp; ". Asociația Remove (e)" opțiune pentru eliminarea asociațiilor de metadate din elementele de date selectate a fost adăugat păcat vizualizarea Elemente de metadate într-un meniu contextual clic dreapta

• În metadate Găsiți Associated Datele vizualiza acum este posibil să se utilizeze Găsiți în Zona de navigare atunci când sunt selectate mai multe rânduri.

  
  
• Atunci când importați metadate dintr-o foaie de calcul cu formule din ea, rezultatul evaluării formulei (așa cum sunt afișate în Excel) este acum importată, mai degrabă decât formula în sine.

& nbsp;

• Toate comunicațiile serverul NCBIs este acum criptat. (NCBI se va muta toate serviciile web la protocolul HTTPS la 30 septembrie 2016). & Nbsp;

  
  

• Lista de enzime de pre-instalate în bancul de lucru. & Nbsp; a fost actualizat de la rebase

  
  

• Opțiunea "nu este în listă" a fost introdusă ca o nouă opțiune de filtrare de masă.

  
  

• Citiți detaliile de grup sunt acum afișate pe ecranul Element Info liste de secvențe.

  
  

• GenBank import acum permite, de asemenea, nume de fișiere cu extensia 'GBFF'.

  
  

• folderul "Sort" instrument utilizează acum sortare numerică pentru prefixate cu nume de fișiere un număr.

• New Substituenți sunt disponibile atunci când se definesc numele ieșirilor de export: & nbsp; {Utilizator}, & nbsp; {host}, precum și pentru elementele de timestamp-ul obiectului de ieșire, {an}, & nbsp; {lună}, & nbsp; {zi}, & nbsp; {oră, & nbsp; {minute}, & nbsp; . {a doua} & nbsp;
• Placeholders din cadrul denumirilor de ieșire la export, care anterior au fost disponibile numai ca cifrele pot fi acum specificate folosind nume scrise: {intrare} este un sinonim pentru {1}, {extensie} este un sinonim pentru {2} și {contra} este un sinonim pentru {3}.

Ce este nou în versiunea 7.7.1:

• Fixed o problemă care a apărut atunci când execută fluxurile de lucru cu mai multe intrări în lot, în cazul în care modificările de a pre-definite, intrările fixe specificate în timpul procesului de lansare nu au fost aplicate.
• Fixed o problemă în cazul în care instrumentul Motif de căutare a raportat incorect toate precizii meci fie ca 0% sau 100%.
• Fixed o problemă în cazul în care sortarea un dosar în timp ce economisirea în ea ar putea declanșa o eroare.
• Fixed un bug în dialogul modul de lot, care ar duce la o eroare atunci când s-au confruntat cu probleme legate de fișier sau date de locația de bază.

Ce este nou în versiunea 7.7:

Import metadate - bază și ușor de import metadate. Acest program completează instrumentele disponibile în metadate Editorul de tabele.

Ce este nou în versiunea 7.6.4:

• Fixed un bug atunci când căutare pentru secvențe de la BCN instrument nu ar reuși să descarce secvențe de nucleotide cu mesajul de eroare "Următoarele secvențe nu au fost descărcate în mod corect.
• Fixed o problemă cu BLAST la NCBI pas al Creați proteine ​​rapoarte instrument.
• Fixed o problemă în ceea ce conduce la o eroare în timpul exportului VCF în cazul în care datele în cauză au fost inițial importate din fișierele VCF și valorile din câmpul QUAL erau întregi. & Nbsp;
• Export de virgulă mobilă (zecimale) numere de la VCF & nbsp; format au fost dependente anterior locale-specificat. Acest lucru a fost stabilit, astfel încât & nbsp; separator zecimal. & Nbsp; acum este întotdeauna un punct
• Când faci asocierea automată a metadatelor, jurnalul arată acum rândurile care metadate nu au fost asociate cu alte date.
• Fixed un bug care a împiedicat informații manual de metadate să fie accesate din cadrul Workbench.
• Fixed un bug în cazul în care face asocierea automată cu ajutorul unui tabel de metadate stocate pe un server CLC ar eșua.
• asocierea automată a metadatelor se ocupă acum de asociere bazată pe un prefix de nume de date care se potrivesc mai degrabă și exacte pentru întregul nume de date.
• Un tabel de metadate nu mai are nevoie de o coloană cheie pentru rândurile sale să fie asociate manual cu elemente de date.
• O opțiune pentru a suprascrie rolurile de metadate anterior vizibile în configurația ieșirilor fluxului de lucru a fost eliminat.
• Fixed o eroare se întâmplă atunci când un banc de lucru de date Locul de amplasare a fost îndreptat într-un fișier de pe sistem în loc de un dosar. Acesta va apărea ca indisponibil în zona Workbench de navigare.
• ponturile activate pentru toți parametrii când se configurează și executarea fluxurilor de lucru.
• Procesul de autentificare de la un banc de lucru la un server CLC trebuie acum complet înainte de a deschide un URL-ul va începe CCL.
• Fix o problemă pe Mac-uri în cazul în care Workbench nu a fost recunoscut ca un tip de protocol personalizat pentru CCL:. // Url-uri
• Rezolvate o excepție care apar rar, care ar putea fi declanșat de comutare editor de vizualizare cu un dublu clic.

Ce este nou în versiunea 7.6.3:

Noile caracteristici și îmbunătățiri

• deodorizare pe elementele selectate este acum posibil: este folosit pentru a fi limitată la dosarele selectate
.
• Se poate selecta acum "EST" ca bază de date atunci când se utilizează de căutare pentru Secvente de la instrumentul NCBI.
• ierarhizat Clustering de instrument Probele pot fi acum executate ca parte a fluxurilor de lucru și pe server.
• Gestionarea îmbunătățită a memoriei în timpul manipulării elementelor de raport de mari dimensiuni.
• Bule pe frunze de copaci filogenetici afișează acum un descriere a secvenței atașate.
• Numerele nu mai sunt adăugate la denumirea elementelor fluxului de lucru atunci când se creează o copie a unui flux de lucru folosind "Open Copy of Flux de lucru".
• metadate de gestionare. Ține evidența fișierelor de intrare și informații de import meta pentru probe.

remedieri ale erorilor

• Fixed o problemă în cazul în care apar rar Workbench ar afișa un mesaj de eroare la instalarea unui 3rd party plugin licențiat.
• Fixed o problemă în cazul în care selectarea o intrare într-un tabel de explozie rezultate ar putea evidenția alinierea greșită în explozie editorul în cazul în care masa a fost filtrată sau sortate.
• Fixed o problemă în cazul în care un clic pe o adnotare în editorul Primerii de proiectare ar putea da naștere la un mesaj de eroare.
• Fixed o problemă în cazul în care adnotări care trecea peste capetele unei secvențe circulare ar fi plasat incorect în secvența de vizualizare circulară.
• Fixed un bug care a cauzat bancului de lucru pentru a îngheța în cazul în care anumite secvențe au fost afișate în vizualizarea circulară cu redare radială a etichetelor.
• rapoarte exportate fix cu autorul greșit în anumite situații.
• Fixed o problemă prin care Create box plot și analiza componentelor principale ar putea fi uneori rula cu argumente ilegale, ceea ce duce la un mesaj de eroare.
• Ieșirea instrumentului Reverse Complement Secvența devine acum sufixului -Rc atașat la numele de intrare în loc de -1, înainte.
• Fixed un bug în Prezice instrument Structură secundară atunci când opțiunea de a calcula funcția de partiție a fost selectată pentru molecule lungi (& gt; 1000 nucleotide).
• Fixed o problemă în cazul în care nu a putut mări după micșorați fluxurile de lucru pe deplin foarte mari.
• Fixed o problemă care a împiedicat un folder rădăcină pe Windows drive-urile de a fi utilizat ca un fișier de amplasare.
• Fixed o problemă în cazul în care actualizarea unei instalații existente pe Windows ar avea ca rezultat fișierul .vmoptions fiind șters, ceea ce face pe termen Workbench cu implicit configurația Java.

Ce este nou în versiunea 7.6.2:

• Adăugat o lucrare în jurul valorii de o problemă java care a rezultat ocazional în Workbench afișarea unei erori neinformativ și care necesită o repornire de a continua să lucreze.
• Fixed o problemă cu care rulează BLAST la NCBI, în cazul în care o eroare NCBIs-a generat aproximativ limita lor de utilizare a procesorului depășirea nu a fost raportată în mod transparent și un rezultat "nici un hit", a fost raportată în loc.
• O remediere a fost aplicată pentru a evita o excepție în situații când curățarea fișierelor descărcate de la BLAST nu a reușit.
• Reverse instrumentul de traducere a ignorat orice cod genetic specificat în tabelele de frecvență a codonilor. Toate traducere inversă ar default, astfel, la codul genetic standardul.
• La instalarea unui flux de lucru cu date incluse, nu mai este posibil să se selecteze un folder numai de citire pentru stocarea datelor.
• fix afișare greșită a "format acceptat" atunci când exportă elemente din fie editorul Folder sau local Editor de căutare.
• Fix de potențial fișier greșit fiind salvat atunci când editați un fișier găsite prin intermediul local Editor de căutare.
• Parcelele din interiorul rapoarte sunt acum afișate cu setările lor laterale panou salvate.
• fixe de economisire de diferite culori de linie în parcele prin panoul lateral.
• opțiunea panoul lateral pentru a afișa legende pentru un teren cu mai mult de 10 eșantioane este acum activat.
• Fixed o problemă care a condus la o eroare la randare parcele pentru seturile de date goale.
• Fixed o problemă în cazul în care opțiunea "Goliți Coșul de reciclare" a fost uneori incorect indisponibil.

Ce este nou în versiunea 7.6.1:

• Exportatorul GTF este acum disponibil pentru Workbench principal.
• transcriptomics experiment și exemple de tabele pot fi sortate acum, chiar și cu un număr mare de rânduri.
• îmbunătățită Excel, HTML și fila delimitat de export de variante (Alegeți numai adnotări / coloanele de care aveți nevoie).

• Fixed o eroare care afectează "Cut de ordine inainte / dupa selectarea" instrument în editorul de clonare.
• Fixed bug în cazul în care un click stânga urmat rapid de clic dreapta a fost interpretat ca dublu-clic pe OS X (în lista de rezultate de căutare persistența, în arborele set de instrumente, iar în editorul de flux de lucru).

Ce este nou în versiunea 7.6:

• Trasee:
  • de ieșire uniformă atunci când îmbogățirea piese de variante și piste de adnotare cu coloane de tabel suplimentare. Circuite de ieșire de la aceste instrumente au acum același număr de coloane de tabel adăugate și coloanele vor fi întotdeauna în aceeași ordine. Anterior, în cazul în care o coloană adăugată a avut valori goale pentru toate rândurile de variante, ar fi fost eliminate din masa finală, rezultând în număr și ordine relativă de coloane suplimentare, atunci când mai multe probe au fost prelucrate cu unelte aceleași / fluxuri de lucru variabile. Toate coloanele sunt reținute în prezent, facilitând prelucrarea în aval a tabelelor exportate, precum și furnizarea de referință vizuală imediată cu privire la care au fost aplicate instrumente de îmbogățire a / adnotare, chiar dacă acestea nu au produs nici un rezultat pentru un anumit eșantion.
  • Mese pentru piste și variante de piese de adnotare poate acum sortare și filtrul de coloane cu celule care conțin numere multiple.
  • Îmbunătățirea vizualizator de cale pentru varianta piese pentru a arăta modificarea secvenței pe varianta pronunțată.
  • Grafic piste acum arată valori negative umplut în sus până la y = 0 (cum era de așteptat).
  • zecimale crescute pentru numere atunci când exportă tabel în CSV, text delimitat fila, și Excel.
  • de raportare îmbunătățită a erorilor legate de spațiu pe disc mic.
  
  

Ce este nou în versiunea 7.5.1:

• Este acum posibil pentru a rula un flux de lucru fără o intrare opțională.
• Instrumentul AAC nu a adnota variantele în 3 'UTR cu schimbarea lor la nivel de ADN folosind formatul a HGV c.xxx. Acest lucru afectează în orice analiză efectuată cu Gx 7.5 sau pe baza anterioare pe piste de CDS ENSEMBL de la versons mai vechi. Analiza de AAC trebuie să fie refăcute cu ajutorul Gx 7.5.1 pentru adnotare corectă.
• Pfam filtrarea bug fix. Anterior, Pfam a raportat doar primul domeniu al fiecărui tip într-o interogare și ca o consecință mai multe domenii au fost pierdute. Se recomandă ca utilizatorii a căror cercetare depinde de adnotări Pfam re-rula instrumentul pe datele lor.
• Fixed un bug în instrumentul "Risc maxim Filogenie", care a eșuat atunci când generează valori bootstrap pentru anumite aliniamente de intrare.
• Problema fixe cu defilare la fișierele relevante atunci când selectarea obiectelor ca parametri în vrajitori de scule.
• Rezultatele Blast text au fost îmbunătățite, astfel încât acestea arată interogarea corectă și pozițiile subiectului, indiferent de fir.
• Fixed o problemă care a împiedicat operațiunile de BLAST atunci când aleg pentru a rula aceste pe serverul CLC.
• Este acum posibil pentru a rula un flux de lucru fără o intrare opțională.