edittag

edittag este o colecție cerere pentru proiectarea seturi de editare tag-uri secventa metrice, verificarea tag-uri secventa de conformare a edita metrica, iar integrarea tag-uri secventa de adaptoare de secventiere specifice platformelor și primeri PCR. edittag diferă de alte abordări:
& Nbsp; * edittag generează lungimi arbitrare de etichete secventa de editare metric în termene rezonabile, folosind multiprocesare
& Nbsp; * edittag produce seturi de tag-uri edita secventa metric conforme cu distanța de editare selectat
& Nbsp; * edittag folosit primer3 a integra tag-uri secventa de primeri PCR
Noi oferim mai multe seturi mari de edita metric tag-uri secventa proiectate folosind edittag în următoarele formate:
& Nbsp; * text - si acest fisier este într-un format adecvat pentru check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * bază de date SQLite
Referirea
Faircloth BC, Glenn TC. Seturi mari de-edita metric identificare secvență
tag-uri pentru a facilita multiplexare scară largă a citește din masiv
secventiere paralel. doi_
Instalare:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
gudron -xzf package.tar.gz
python setup.py instalare
depozit
git git clona: //github.com/baddna/edittag.git edittag
Pachetul opțional (Py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py instalare
Pachetul opțional (primer3)
Dacă doriți pentru a proiecta primeri care încorporează edita metric tag-uri secventa, trebuie să instalați mai întâi o versiune modificată a primer3:
git git clona: //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD mod-primer3 / src
face
Marca instalare
Asigurați-vă că vă mutați fișierele binare din mod-primer3 la o locație în calea ta (a muta cel puțin primer3 lung și primer3_config în același director în calea ta). Puteți rula apoi

Cerințe :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3