goby

goby este un API Python pentru citirea fișierelor de date binare create folosind cadrul de gestionare a datelor Goby next-gen.
În mod normal, acest director vine ca parte a pachetului complet Goby, disponibil de la:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Pachetul complet include codul sursă Java. Dacă ați descărcat acest pachet de PyPI sau o altă sursă Python specific, este posibil să fi primit doar partea Python a codului.
Dezvoltare Avertisment
Bibliotecile Goby Python nu sunt la fel de matur ca la punerea în aplicare Java. Acesta poate fi mult mai buggy și nu este destinat să furnizeze un set complet de caracteristici care se regăsesc în versiunea Java.
Instalare:
& Nbsp; 1. Asigurați-vă că aveți Python 2.5 sau mai nou. Dacă aveți dubii, rulați:
python -V
& Nbsp; 2. Descărcați și instalați pachetele condiție Python:
& Nbsp; 1. Tampoane de protocol
& Nbsp; Disponibil din http://code.google.com/p/protobuf/ sau PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - înlocuire Python pentru java.util.Properties
& Nbsp; Disponibil de la http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Instalarea pachetului Goby:
python setup.py instalare
& Nbsp; Acest pas poate necesita drepturi de superutilizator.
Utilizare:
Script Exemplul sunt furnizate pentru a demonstra cum se accesează conținutul fișierelor goby în Python.
& Nbsp; * Iată cum a scana un fișier aliniere Goby:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Fișierele basename.entries și basename.header trebuie să ieși.)
& Nbsp; * Următoarea comandă va imprima conținutul unui fișier aliniere ca text:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Următoarea comandă va transforma un compact citește fișier în format FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact-citește
& Nbsp; * Următoarea comandă va imprima statistici cu privire la conținutul unui compact citește fișier:
GobyReadsStats.py file.compact-citește

Cerințe :

• Python