Spindel este o abordare alternativă pentru identificarea biologică bazată pe lungimea ARN ribozomal (ARNr) regiuni ale genei. În general, aliniamente de ARNr primar secvente de gene de la diferite specii arată regiuni alternative de conservare nucleotide și variație, atât în termeni de substituții de nucleotide (numite în mod obișnuit "SNPs") și inserție / ștergere (INDEL) evenimente. Prezența rezultatelor indels în secvențe de diferite lungimi și introduce lacune în alinierea, de obicei, notate cu o cratimă "-".
Conceptul nostru de identificare biologică utilizează ARNr secvențe de gene cum urmează: regiuni conservate sunt folosite pentru a defini segmente variabile ("Spindel regiuni hipervariabile") în care o combinație de secvențe lungime de caracteristic fiecărei specii (un "profile Spindel"). Astfel, fiecare specie poate fi definit printr-un profil unic numerică.
În teorie, un sondaj de doar 6 regiuni hipervariabile cu 20 alele fiecare (sau 11 regiuni cu 5 alele fiecare) este suficient pentru a discrimina toate speciile de eucariote de pe Pamant, care sunt estimate a fi între 5 și 15 milioane la număr. În practică, Spindel este capabil sa discrimineze 93,3% din specii eucariote cu variație intraspecifică scăzută și rezoluție înaltă filogenetice.
Comentariile nu a fost găsit