ZOOM Lite

ZOOM Lite este un urmatoarea generatie de cartografiere a datelor secventiere si vizualizare software. Gene utilizatorii de intrare de referință și Illumina / Solexa scurt citește fișiere sau AB spațiu culoare solidă citește fișiere în diferite formate, cum ar fi * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM emite rezultatele cartografiere acestor scurte citește pe secvența de referință. ZOOM Lite are un nucleu de cartografiere rapidă și precisă bazată pe o teorie mai multe distanțate semințe design nou. Ambele single-end și asociat-end citește de diverse lungimi de la 15bp la 240bp pot fi manipulate. Sunt permise orice număr de nepotriviri și un inserție / ștergere a diverselor lungimi între citire și regiunea tinta pe secvența de referință. Rezultatele unic mapate sau mai bune (top N) rezultate pentru fiecare citire vor fi raportate în conformitate cu nepotrivirile minime și lungimea INDEL. Scorurile de calitate sunt utilizate pentru a spori precizia de cartografiere. Pe baza nucleului de cartografiere, ZOOM Lite permite utilizatorilor să încarce date de citire locale și de referință date de secvență, selectați parametrii adecvate, datele de proces cantitate mare în paralel între până la patru procesoare, monitorizarea sarcinilor de funcționare, stoca rezultatele de cartografiere, vizualiza graficele de Rezultatele de cartografiere și rezultatele de cartografiere ieșire, fie * .BED sau * formate de fișiere .GFF pentru topografie în continuare cu UCSC informațiile track browser. Rezultatele de cartografiere pot fi vizualizate în orice scară de dorit, din graficul de adâncime de citire pe o întreagă cromozom a aliniamente de secvență detaliate între citește și secvența de referință. Utilizatorii naviga cu ușurință la regiuni de interes, pur și simplu prin clic și trageți sau defilare. ZOOM Lite este un derivat al software-ului ZOOM Studio

Ce este nou în această versiune:.

Versiunea 1.5 include format SAM export, arhitectura regla, optimizare cod mai bine, mai mici Programul dimensiunea binar, și modernizate engining dabase pentru o performanță mai bună.