DendroPy

• infrastructură nou pentru metadate adnotări:. AnnotationSet și adnotare
• Suport complet de NeXML 0,9 metadate parsarea și de scris.
• get_from_url () și read_from_url () metode permit acum pentru citirea datelor din filogenetice de adresă URL.
• modul de interoperabilitate Adaugat GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Ce este nou în versiunea 3.12.2:

• infrastructură nou pentru adnotări de metadate: AnnotationSet și adnotări.
• Suport complet de NeXML 0,9 metadate parsarea și de scris.
• get_from_url () și read_from_url () metode permit acum pentru citirea datelor din filogenetice de adresă URL.
• modul de interoperabilitate Adaugat GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Ce este nou în versiunea 3.11.0:

• script nouă cerere de concatenare a etichetelor de sucursale din intreaga mai multe copaci de intrare:. sumlabels.py
• New clasa de interoperabilitate dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. înveliș pentru Seq-Gen integrat în bibliotecă
• New funcția de interoperabilitate dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. înveliș de aliniere mușchi
• New dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner clasa de interoperabilitate:. înveliș pentru RAxML
• prune_taxa () metoda adăugat CharacterMatrix.
• module de matematică sa mutat la propria lor subpachet:. dendropy.mathlib
• New modul pentru matrice și vector calcule:. dendropy.mathlib.linearalg
• New modul de calcul statistic distanță:. dendropy.mathlib.distance
• familiale de Mahalanobis funcții de calcul distanță în dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Ce este nou în versiunea 3.9.0:

• Caracteristici noi:
• contraste independente filogenetice (PIC) de analiză poate fi acum efectuate folosind clasa dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• coalescent conținute simplificată (copac gene de specii de copac) simulare.
• Schimbări:
• argumente cuvinte cheie pentru a as_string (), write_to_path (), write_to_file, etc. metode au fost optimizat pentru a deveni mai coerente pentru NEXUS și formate Newick. Cuvinte cheie anterioare sunt încă suportate, dar va fi depreciate. Noul set de argumente cuvinte cheie acceptate poate fi văzut în: Meciul: NEXUS și Newick scris personalizare & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; secțiune.
• NEXUS și Newick formatele acum implicit la caz-insensibil etichete taxon; specifica case_insensitive_taxon_labels = false pentru cazul-sensibilitate.
• Fixat Bug:
• Citirea caracter intercalat matrice nici un rezultat mai în următorul bloc fiind omise (NEXUS).
• Prins OverflowError la calcularea statisticilor sumare.

Ce este nou în versiunea 3.8.0:

• obiecte de copaci pot fi acum rerooted la punctul de mijloc (a se vedea Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Adnotări (de exemplu, atributele de copac, nod sau Edge obiecte care au avut & quot; adnota () & quot; numit pe ele) NEXUS atunci când scrieți pot fi acum scrise și comentarii de metadate (& quot;, [& câmp = valoare] & quot) format / NEWICK dacă se utilizează annotations_as_comments argument cuvinte cheie.
• la citirea NEXUS / NEWICK copaci format, precizând extract_comment_metadata = True va duce la comentariile de metadate a fi tras în dicționarul, cu taste fiind fieldnames și valori fiind valorile de câmp.
• Când citirea datelor în format NEXUS, seturi de blocuri vor fi prelucrate, iar seturi de caractere analizat în CharacterDataMatrix relevante.
• Seturi de caractere (ca, de exemplu, analizat din NEXUS SETURI blocuri: a se vedea mai sus) pot fi exportate ca noi obiecte CharacterDataMatrix, și să fie salvat / manipulat / etc. independentally.
• Când scrieți în formate NEXUS sau NEWICK, The write_item_comments argumentul cuvinte cheie (Adevărat sau fals) poate controla dacă comentariile acordate asociate cu noduri pe copaci vor fi scrise sau nu.
• class TopologyCounter adăugat dendropy.treesum:. permite pentru urmărirea frecvențelor topologie
• treesplits.tree_from_splits () permite constrictie de (doar-topologie) arbori dintr-un set de crapaturi.
• Cel mai funcționalitate care folosit pentru a fi "dendropy.treemanip" a fost acum migrat ca metode native ale clasei dendropy.Tree. "Dendropy.treemanip" va fi depreciate.
• Copacii pot acum fi sterse bazat pe o listă de etichete taxonomiei pentru a elimina sau păstra (anterior, metodele ar accepta doar liste de obiecte taxon).

Ce este nou în versiunea 3.7.1:

• Caracteristici noi:
• Punerea în aplicare a "abordării generale de eșantionare" (Hartman et al 2010:... Copacii de eșantionare, de Modele evolutive; Syst Biol 49, 465-476). Metoda de simulare copaci de la modelul de naștere-moarte
• Schimbări:
• nume corecte / consistente pentru anumite funcții de probabilitate.
• Fixat Bug:
• Bug în confirmarea suprascrierea de fișier de ieșire atunci când se utilizează SumTrees "-e" / "- split-margini. opțiune
• referință semi-fosilizate antică și cărunt la "taxa_block" corectat la "taxon_set".

Ce este nou în versiunea 3.7.0:.

• migrat la licență în stil BSD

Ce este nou în versiunea 3.6.1:

• SumTrees lucrează acum (în modul serial), în temeiul mai în vârstă Versiunile python (de exemplu & # x3c; 2.6).
• stabilește, pentru compatibilitate cu 2.4.x Python.

Ce este nou în versiunea 3.5.0:

• ladderize Adaugata () metodă, la comanda noduri în ascendent (implicit) sau descendent (ladderize (dreapta = True)) pentru.
• Adaugat & quot; animal-rezumat-tree & quot; caietul de sarcini schema pentru a procesa copaci consens BEAST adnotate.
• Adaugata nou modul pentru a interacționa cu baze de date NCBI:. dendropy.interop.ncbi

Ce este nou în versiunea 3.4:..

• ez_setup.py Bundled actualizat la cea mai recentă versiune

Cerințe :

• Python 2.4-3.0