Open Babel

Deschideți Babel este un open source, software-ul de colaborare bibliotecă, gratuit și multiplatformă care a fost conceput pentru a acționa ca un set de instrumente chimic special proiectat pentru a recunoaște numeroase limbi de date chimice. Este pur și simplu numit & ldquo; Deschideți Chimie Toolkit & rdquo;. Caracteristici pe glanceWith Deschideți Babel, utilizatorii vor putea să caute, să analizeze, converti, și să stocheze datele de la chimie, modelare moleculara, biochimie, precum si alte domenii conexe. Aceasta susține o gamă largă de formate de fișiere chimice comune, inclusiv Mol2, SDF / MOL, PPB, XYZ, zâmbete, și CML.
În plus, Open Babel oferă sprijin set de instrumente, MIME chimic un plin featured programatorului, SMARTS matcher, atom flexibil / legătură Typer, ștergere hidrogen și plus, bitvector de clasă, matrice și vector transformări, precum și un test de suite.Under molecular capota și sprijinit de operare systemsOpen Babel este scris în întregime în C ++ limbajul de programare. Acesta & rsquo; sa adevărat software cross-platform care acceptă GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows și sistemele de operare Mac OS X. Ambele computere pe 32 de biți și pe 64 de biți sunt suportate oficial în momentul de scris, this.Getting a început cu Deschideți BabelFirst de toate, vă recomandăm să instalați Deschideți Babel cu ajutorul pre-construite pachetele binare din depozitele de software implicit de dumneavoastră distribuție Linux. Dacă sistemul dumneavoastră GNU / Linux nu poate fi utilizată rsquo; t avea software-ul Deschideți Babel în repo sale, atunci v-rsquo; va trebui să elaboreze și instalarea aplicației folosind sursele universale arhiva oferite pe Softoware.
Descărcați arhiva (arhiva tar.gz), se extrage-o pe o locație aleasă de dumneavoastră, deschideți un emulator de terminal, navigați la folderul extras și executați & ldquo;. Cmake & rdquo; comandă (fără ghilimele) pentru a configura proiectului. Apoi, trebuie să executați & ldquo; & rdquo face; comandă, fără ghilimele, desigur, să-l compilați. Asigurați-vă că instrumentul CMake în instalat pe sistemul de operare înainte de a instructiunilor de mai sus

Ce este nou în această versiune:.

• Această versiune reprezintă o mare-fix-eliberare bug și ar trebui să fie un upgrade stabil, recomandat pentru toți utilizatorii Deschideți Babel. Multe bug-uri și accesorii au fost adăugate în ultimul an de la lansarea 2.3.0.

Ce este nou în versiunea 2.2.2:

• Această versiune reprezintă o versiune majoră bug-fix și este un upgrade stabil, recomandat pentru toți utilizatorii Deschideți Babel. Deși nu poate să nu fie multe caracteristici noi, multe accidente si alte bug-uri au fost stabilite de la 2.2.1.
• actualizat la noua versiune InChI 1.02 pentru a produce InChI și InChIKey ieșire standard.
• fixă ​​multe erori Stereochimie la citirea / scrierea Smiles. Aceasta este parte a unui proiect mai amplu, care va fi finalizat în comunicatul 2.3.
• compilare fixe și instalare pe platforme Cygwin și MinGW.
• semnificativ îmbunătățit aromaticitate și atribuire legătură Kekule.
• 2D îmbunătățită - & gt; 3D coordona generație
• îmbunătățită coordona generație folosind --gen3d operațiunea de linie de comandă
• performanță îmbunătățită pentru a coordona generație.
• New --fillUC operație de linie de comandă pentru Babel.
• Fixat la dependentă de pH plus hidrogen.
• Adăugat suport pentru citirea datelor de vibrație de la Molden, Molpro, iar NWChem fișierele de ieșire.
• raze atomic Updated din calculele teoretice recente.
• Fixed bug atunci când citesc Mol2 sau fișiere XML comprimat-gzip.
• fișiere închide după o eroare. Fixat un bug cu Pybel cazul în care fișierele rămâne deschisă.
• Multe fixat mai multe bug-uri și mici îmbunătățiri caracteristică. == Formate de fișier noi == Import & Export:
• Molpro de intrare și de ieșire.
• VASP coordonate fișiere (CONTCAR și POSCAR).

Ce este nou în versiunea 2.2.1:

• interfețe de scripting îmbunătățite, inclusiv Python 3 sprijin și îmbunătățite Java și C # sprijin.
• Adăugat suport pentru amprente maccs. Datorită proiectului RDKit.
• Multe remedieri și îmbunătățiri ale codului câmp de forță. În special, punerea în aplicare câmp de forță UFF ar trebui să se ocupe de multe alte molecule.
• îmbunătățită coordona 3D generație, în special cu fragmente de inel. Puteți da acest un try cu utilitarul obgen.
• fix o varietate de erori de import PPB cu tipuri de atomi.
• Adăugat suport pentru citirea taxelor și raze de formate de fișiere PQR.
• Adăugat suport pentru citire si scriere celule unitare în format PPB.
• nou & quot; ieșire & quot; format de fișier pentru a lua generic & quot; & quot ;, .out & quot; & quot ;, .log și & quot; .dat & quot; fișiere și citirea cu tip de fișier adecvate, bazate pe conținut. În prezent, funcționează extrem de bine pentru pachetele de chimie cuantica.
• Adaugata îmbunătățită eroare de manipulare și de raportare atunci când imposibilitatea de a încărca formate de fișiere.
• Suport îmbunătățit CIF format de fișier.
• Multe, multe, multe remedieri de bug-uri și îmbunătățiri suplimentare mici.