Development Kit Chemistry (de asemenea, cunoscut sub numele de CDK) este o platformă independentă, distribuită în mod liber și software-ul de bibliotecă open source implementată în Java și concepute special pentru bioinformatica structurale, cheminformatics si chimie de calcul.
Proiectul cuprinde diverși algoritmi utile și structuri de date adaptate special pentru programatori care doresc să economisească o mulțime de timp și efort prin codul refolosirii. Kit-ul de dezvoltare Chimia nu este proiectat pentru a fi utilizat de către utilizatorii finali.
Caracteristici dintr-o ochire
Caracteristicile cheie includ suport pentru citire și scriere formate de date chimice, suport pentru randare structuri chimice, suport pentru QSAR (Structura cantitativă & ndash; activitatea Raportul). Descriptori, precum și algoritmi încorporate pentru susținerea teoriei graficului chimic
Pentru confortul dumneavoastră, aplicația este distribuit ca binarele de pre-construite în formatul de fișier JAR. Pentru a-l utiliza în proiect, pur și simplu descărcați cea mai recentă versiune stabilă de la Softoware folosind link-ul de mai sus, în cazul în care puteți găsi, de asemenea, programul & rsquo; s. Sursa tarball
Programatorii vor găsi informații detaliate cu privire la modul de a compila programul din surse, cum de a rula diverse teste, precum și modul în care să-l folosească în alte programe din fișierul README.txt care se afla in interiorul arhivei tar.gz.
Sub capota si sprijinite sisteme de operare
Având o privire sub capota CDK software-ului (chimie Development Kit), putem menționa că a fost scris în întregime în limbajul de programare Java.
În prezent, este pe deplin compatibil cu arome pe 32 de biți și pe 64 de biți ale GNU / Linux, Microsoft Windows și sistemele de operare Mac OS X. Cu toate acestea, ar trebui să funcționeze pe orice sistem de operare suportat de Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; și Java Development Kit (JDK) & nbsp; tehnologii
Ce este nou în această versiune:
- taxa oficială a IAtomcontainer este transferat la IMolecularFormula
- Fixed bug 2787332 Matricea de obligațiuni vechi în calcul taxa Gasteiger a fost setat la
- pentru a rezolva bug Actualizat 2788357 SMARTSQueryTool prinde acum TokenMgrError în CONSTRUC
- Adăugat nou taglet pentru a procesa cdk.githash tag-ul și link-ul Javadocs la surse din Git repo
- tag-uri cdk.svnrev actualizate la cdk.githash tag-uri
- Bug_2787332. testare adăugată pentru molecula Triclosanul (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- cod renderer caduce eliminate: fie utilizarea CDK 1.0.x sau jchempaint primar
- Test Adăugat pentru bug 2786624 în suita de teste interpretor
- link-uri adăugate la pagini DPM
- link Adăugat la statisticile JUnit
- lista claselor Adăugat în modul, cu link-uri pentru a Nightly @ Pele
- Adăugat configurat pentru crearea de pagini HTML modul
- Adăugat configurat pentru crearea de pagini HTML modul
Ce este nou în versiunea 1.5.10:
- Taxa oficială a IAtomcontainer este transferat la IMolecularFormula
- Fixed bug 2787332 Matricea de obligațiuni vechi în calcul taxa Gasteiger a fost setat la
- pentru a rezolva bug Actualizat 2788357 SMARTSQueryTool prinde acum TokenMgrError în CONSTRUC
- Adăugat nou taglet pentru a procesa cdk.githash tag-ul și link-ul Javadocs la surse din Git repo
- tag-uri cdk.svnrev actualizate la cdk.githash tag-uri
- Bug_2787332. testare adăugată pentru molecula Triclosanul (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- cod renderer caduce eliminate: fie utilizarea CDK 1.0.x sau jchempaint primar
- Test Adăugat pentru bug 2786624 în suita de teste interpretor
- link-uri adăugate la pagini DPM
- link Adăugat la statisticile JUnit
- lista claselor Adăugat în modul, cu link-uri pentru a Nightly @ Pele
- Adăugat configurat pentru crearea de pagini HTML modul
- Adăugat configurat pentru crearea de pagini HTML modul
Ce este nou în versiunea 1.2.2:
- legături fixe. Suboptimal, deoarece calea este încă hardcoded la o singură instanță Nightly, dar nu avem cadru XML încă pentru a rezuma lucrurile peste toate Nightlies (care rulează
- Actualizat numărul versiunii
- Adăugat de testare pentru a se asigura IAtomContainers nu sunt furișat prin IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- Suprascrierea addAtomContainer (IAtomContainer, dublu) prea, pentru a arunca o IllegalArgumentException atunci când un non-IMolecule este trecut
- Acum aruncă o IllegalArgumentException când este încercat să stocheze un IAtomContainer care nu este un IMolecule
- Adăugat unitate de testare pentru # 2784182
- nou test cu rezerpina
- taglets Adăugat de filetat de siguranță
- Cu un atom sau mai puțin, definim ca acesta să fie conectat, deoarece nu există nici o partiționare necesară (remediază # 2784209, NullPointerException pe IAtomContainer cu nici un atom)
- Adăugat unitate de testare pentru bug # 2784209 care eșuează în prezent
- Mai multe eliminarea nume de pachete org.openscience.cdk explicite: aruncă clauze
- Mai multe eliminarea numelor pachetelor org.openscience.cdk explicite
- Mai multe îndepărtarea de nume de pachete org.openscience.cdk explicite: pentru noul org.openscience.cdk.Foo () apeluri
- Eliminat org.openscience.cdk.interfaces explicite pachete nume (remedieri # 2783549)
- Eliminat numele pachetelor explicite, în favoarea importurilor, pentru org.openscience.cdk în modulul datadebug (fixat # 2783549)
- Eliminat numele pachetelor explicite, în favoarea importurilor, pentru org.openscience.cdk în modulul de date (fixat # 2783549)
- Breakout a opțiunii recursivitatii pe AllRingsFinder
- Extracția din formula elementară șir de caractere, taxa.
- Extracția din formula elementară șir de caractere, taxa.
- Controler de masă, atunci când acesta este în afara intervalului
- Actualizat pentru a adăuga în mod inteligent lui H la o PLANAR3 N, repararea bug-urilor 2781199
- test Adăugat pentru bug-ul 2781199
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură includ acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură include acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură include acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură include acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură include acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- face apel la CDKException constructor făcut într-un bloc de captură include acum excepția rădăcină pentru a păstra stiva de urmărire
- Sa adăugat o unitate de testare pentru a se asigura câmpurile SD sunt citite pentru toate moleculele
- divizat de test
- fișiere noi
- mai multe teste pentru CML lectură
- Adăugat unitate de testare pentru # 1848591: cadru Murcko incorecte
- exprimate fixe, elimina redundante nume pachet complet
- Adăugat unitate de testare pentru # 2692107
- tipo fixă: lipsește 's'
Ce este nou în versiunea 1.2.1:
- Fixed bug 2714283, care aruncă în mod corespunzător o excepție atunci când inele nu sunt închise în mod corespunzător. În cazul în care un inel care nu este închis cu numărul de inel corespunzător, InvalidSmilesException este aruncat. Meciuri Comportamentul de vară
- Fixed bug 2729120 și unitate de testare adăugată
- comment Actualizat pentru a rezolva bug-2768643.
- Corecție parțială pentru bug 2719237. Made getBondOrderSum statică unitate de testare, a adăugat pentru ea
- Typo: proteinl - & gt; proteine
- Made publice de clasă, pentru a unbreak adăugându-l la construirea / *. Javafiles
- SMARTS parțial fixe potrivite pentru R0. Actualizat moleculă țintă de inițializare pentru a indica în mod explicit atomii nu într-un inel și un atom de RingMembership de asemenea actualizat pentru a face un control explicit atunci când este specificat R0. stabilește parțial bug 2587204
- Fixed test de egalitate dubioase. O metodă privată a fost verificarea obiectelor duble prin referință. A lucrat bine când au fost nule. Nu reușește, atunci când avem nevoie pentru a compara de valoare. Codul este actualizat pentru a lua în considerare. test de unitate adăugată (și a făcut metoda protejată, astfel încât să poată fi testată)
- Test Adăugat metoda adnotată. Acoperire pentru modulul completează date
- ChiIndexUtils Refactored pentru a face pachetul de privat. Curăță API publice, deoarece acesta este folosit doar de codul chi descriptor. Actualizat toate clasele dependente. Cod de încercare a fost mutat (care trebuie să fie completate!), precum și
- Cod de curățare a ChiIndexUtils. Convertit la 1,5 idiomuri
- Curățarea de PathTools și a adăugat metoda de testare adnotare, astfel încât miezul este complet acoperit
- Fixed anterior se angajează pentru a edita linia cdk.keyword, nu linia cdk.module
- Cuvinte cheie mai consistente utilizate
- Adăugat un test pentru a se asigura că Integer obiectele sunt comparate în funcție de valoare, mai degrabă decât de referință
- Adăugat un caz test pentru a verifica că diff container atom sunt corecte atunci când se utilizează obiecte deserialized
- Fixed IntegerDifference, astfel încât acesta verifică efectiv valoarea întreagă, mai degrabă decât referințe ale obiectului Integer. Rezolvă problema prin care un obiect serializate pe disc și apoi deserialized nu se potrivește cu obiectul original (adică, șir dif non gol)
- aplicat patch-uri # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch pentru a adăuga un removeReaction la reactionSet
- Utilizarea interfață în loc de punere în aplicare
- eliminat un import neutilizat
- Utilizarea IAtomContainer în loc de IMolecule, deoarece potrivirea reală este deja folosind IAtomContainers (fixat # 2686249)
- Fixed un ClassCastException (fixat # 2685134)
- Adăugat attrib sursă pentru a fixa construirea Ubuntu .deb
- fix Ajutor sistem construi: folosiți borcane Doclet în develjar /; actualizat pentru noul director src src / main; eliminat utilizarea foarte învechită a rt.jar
- libdepends terse sunt pentru test-ioformats, care nu are de fapt libdepends
- actualizate, astfel încât, dacă un atom țintă are nici un simbol (cum ar fi atomii de pseudo) meciul returnează fals (mai degrabă decât un NPE)
- Fixed manevrarea corectă a #N SMARTS querys
- test Adăugat pentru bug-ul 2686473
- Notă Adăugat pe 1.7.1 Ant necesar
- Fixed o sursă de NPE: '== null 2' face o excepție, astfel încât primul test pentru nullness
- Notă fixă privind drepturile de autor pentru 2009
- fixă de stocare duplicat de șabloane pentru aspect, care aparțin numai în modulul SDG, nu modul suplimentar prea
- Merge ramură 'local1.2' din ../../ git-svn / cdk-
Ce este nou în versiunea 1.2.0:
- Fixat câteva SMARTS parsing problemă, utilizarea a două simboluri și -Scrisoare IPseudoAtom în Fingerprinter, și adaugă 4 noi definiții de tip atom, pentru iod și sulf.
Ce este nou în versiunea 1.1.5:.
- Cea mai mare parte bug fixat
Ce este nou în versiunea 1.1.4:.
- bugfix cea mai mare parte mici
Ce este nou în versiunea 1.1.1:
- bug fixat și cea mai mare parte mici de cod general, curat.
Ce este nou în versiunea 1.1.0:.
- Multe, multe schimbări
Cerințe :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
Comentariile nu a fost găsit