STEME

Proiectul Steme început viața ca o aproximare a algoritmului Asteptarea-maximizare pentru tipul de model în motivului geodezice, cum ar fi MEME.
Steme & rsquo; s EM apropierea se execută un ordin de mărime mai repede decât punerea în aplicare MEME pentru setările tipice ale parametrilor. Steme sa dezvoltat într-un vizor motiv drepturi depline de sine stătătoare.
De ce să folosiți Steme?
Tehnici de dovedit constatare motivului
Steme se bazează pe algoritmul MEME încercat și-testate. MEME este una dintre cele mai mature și apreciate motivului telemetri. Acesta a fost unul dintre cele mai performante din Tompa și colaboratorii & rsquo; s. Compararea valoare de referință de motivului telemetri.
Proiectat pentru seturi mari de date
Steme este proiectat pentru a fi utilizat de tipul de seturi mari de date de obicei generate de experimente biologice moderne. Steme a fost testat pe intrare în zeci de megabases, dar nu există nici un motiv pentru care nu ar trebui să fie utilizate pe seturi mari de date.
Rapid
Steme este rapid. De obicei telemetri cu motive au o execuție care creste rapid cu dimensiunea de intrare. Datorită Steme & rsquo; s utilizare a arborilor de sufixe aceasta nu suferă această problemă. Steme oferă opțiuni pentru a controla runtime astfel încât utilizatorul controlează cât de mult sunt pregătiți să aștepte rezultatele.
Modele flexibile motivului
Multe telemetri cu motive (în special rapide motivului Finders enumerative) utilizează secvențe consens ca modele de site-uri de legare. Acestea nu sunt la fel de flexibile ca PWM-urilor care Steme utilizări și nu poate capta aceeași gamă de motive ca PWM.
Ușor de utilizat
Steme produce ieșire în MEME & rsquo; s format bine stabilit făcându-l ușor de folosit în instrumente aval. Steme & rsquo; s ieșire a fost testat cu instrumente de MEME, BioPython și BioPerl.
Calcule exacte semnificație
Steme & rsquo; s calculele importanței sunt proiectate cu seturi mari de date în minte. Motif telemetri care nu au fost scrise pentru seturi mari de date pot de multe ori prost judeca greșit semnificația motivelor care le găsesc. Aceasta este o problemă deosebit de insidios și greu pentru utilizator pentru a identifica.
Disponibil ca serviciu web
Steme poate fi instalat local pe calculatorul dumneavoastră sau poate fi rulat pe web pe serverele noastre.
Pachet de documente

Cerințe :

• Python