E-Cell System

Sistemul de E-Cell este un concept de a construi celule virtuale pe computere.
Sistemul E-Cell este o suită software orientat-obiect pentru modelarea, simularea și analiza sistemelor complexe de mari dimensiuni, cum ar fi celulele biologice, proiectat de Kouichi Takahashi și scrise de o echipa minunata de dezvoltatori. Parte esențială a sistemului, E-Cell Simulare Mediu versiunea 3, permite mai multe componente conduse de mai multe algoritmi diferite termene de coexista.
Proiectul E-Cell este un proiect internațional de cercetare care vizează dezvoltarea suporturi teoretice necesare, tehnologii și platforme software pentru a permite simularea precisă celulă întreagă.
Sistemul E-Cell este alcătuit din următoarele trei părți principale:
- E-Cell Simulare de Mediu (sau E-Cell SE)
- E-Cell Modelare Mediu (sau E-Cell ME)
- Analiza E-Cell Toolkit

Caracteristici :

• bbli capabilități de bază:
• orientata-obiect modelarea și simularea sistemelor complexe.
• -Plug in arhitectura. Noi clase user-obiect poate fi dezvoltat, încărcate dinamic, și utilizate în simulare.
• în timp real interacțiunea cu utilizatorul și vizualizare în timpul simulării.

Scripting:
• scripting Python a unei sesiuni de simulare (manipulare RUN / STOP / parametru / prelucrare a datelor, etc ...).
• scripting Python unui experiment de simulare care implică multe ruleaza sesiunilor de simulare (cum ar fi de tuning parametru, analiza de control metabolic, etc ..)
• Python scripting de generare fișier modelului (de exemplu, pentru modelul constructii automată din bazele de date).

Compatibilitati:
• nivel SBML 1/2 importul.
• nivel SBML 1/2 exportator.


• calcul paralel:
• comună memorie, multi-thread paralelizare a unei singure sesiuni de simulare. (Care urmează să fie îmbinate în ramura principală.)
• Cluster și grila distribuite de calcul a mai multor sesiuni de simulare. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Ce este nou în această versiune:.

• Această versiune adaugă diverse bugfixes

Ce este nou în versiunea 3.1.107 RC2:

• Fixed un bug în ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Fixed un bug în ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Ce este nou în versiunea 3.1.107 RC1:

• probleme de compilare fixe pe noi CCG (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• pyecs integrate în pyecell. (Moriyoshi)
• ecell.emc fuzionat în ecell.ecs a evita ciudatenie inițializare statică în unele platforme (inclusiv Mac OS X). (Moriyoshi)
• Două interfețe GUI (sesiune-monitor și model editor) au fost reînnoite pentru a fi două pachete de module Python, ecell.ui.osogo și ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• GtkSessionMonitor Mutat în ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor care se află în ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Renamed ecell.SessionManager la ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Eliminat următoarele constante din ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)