Staden Pachetul este un set complet dezvoltat de asamblare secvență ADN (Gap4), editarea și instrumente de analiză a (Spin) pentru Unix, Linux, MacOSX și MS Windows.
Pe frontul Gap4 au fost aderarea legate de mai multe minore
îmbunătățiri în modul în care scorurile se alătură Găsește în alătură internă și
funcționalitate a butonului aliniere în Alăturați Editor.
De asemenea, de importanță pentru gap4 sunt diferite modificări la io_lib (
Biblioteca pentru toți I / O în diferite formate de fișiere urmă). Cu adaos
a unui nou program de hash_exp acum permite pentru fișiere experiment să fie
concatenate împreună și indexate. Lista de nume de fișiere experiment
stil ar trebui să fie furnizate gap4, dar cu condiția ca mediul EXP_PATH
variabilă a fost setat corect gap4 va fi capabil să aducă individuale
secvențe din dosar experiment concatenate
arhiva. Îmbunătățirile aduse interfeței de utilizator pentru această încă mai trebuie să fie
făcut.
454 arhivele SFF sunt acum mai bine sprijinite. Cele defsult 454 Indicii
Acum lucrează, deși programul hash_sff poate fi utilizată pentru a furniza un
Strategia indexare alternativă (eventual mai repede în unele cazuri).
Gap4 și Trev au, de asemenea, un alt stil de afișare urmă urme care
au 1 probă de scanare (canale x4) pe apel de bază. În acest caz, se poate
atrage, de asemenea, 4 valori de încredere în loc de 1 la bază. Aceste abilitati
va permite o mai bună integrare a Solexa urme atunci când mai ușor
disponibil.
Plus, desigur, mix de obicei de bug fixat și trucuri minore. Vezi
jurnal complet schimbare pentru detalii (prin intermediul site-ului SourceForge).
Alte modificări notabile
Gap4
Comentariile nu a fost găsit