Cell electrofiziologie Simulare de Mediu (CESE) este un cadru cuprinzător special conceput pentru a efectua simulări electrofiziologice calcul, de exemplu, simulări de activitate electrica miocitelor cardiace.
Celulă electrofiziologie Simularea Mediului este util pentru simulări de potentialului de actiune, curenți ionici individuale, și modificări ale concentrațiilor ionice.
CESE este un program de cross-platform, ruleaza pe orice sistem care are mediu runtime Java (JRE) versiunea 1.4 sau mai sus. Acesta a fost testat pe Windows, Linux, Solaris, MacOS X, și AIX.
Utilizatorii CESE
CESE este un mediu integrat pentru efectuarea simulărilor de calcul folosind o varietate de modele electrofiziologice.
În acest stadiu CESE permite crearea si executarea de modele unice de celule (conținând atât Hodgkin-Huxley (HH) și formulări curente markoviene). Modele de activitate electrică miocitelor cardiace cu codul sursă sunt incluse în distribuție CESE. Sperăm să se extindă numărul de modele disponibile, și se adaugă anumite modele neuronale în viitor.
Principalul Puterea CESE este în uniformitatea sa & # 65533; o interfață de program rămâne aceeași pentru diferite tipuri de modele. Puteți comuta ușor între modele și comparați rezultate simulare. Parametrii de model pot fi modificate, selectate pentru producția și / sau fixată în același fel, standardul.
CESE extinde semnificația electrofiziologic convențională a "clemei tensiune". Puteți clemă orice variabilă model inclusiv de tensiune (potențial de membrană), curenții ionici totale sau individuale, concentrațiile ionice, temperatura, variabile de suprimare a fasciculului, etc. Comenzile de strângere pot fi funcții piese înțelept complexe, stabilite individual pentru modelul variabila de interes . Aceasta deschide posibilități infinite pentru explorarea comportament complex model.
CESE oferă vizualizari de date simple, dar eficiente. Rezultatele de simulare pot fi prezentate în forme grafice si tabulare. Parcele pot fi personalizate, și regiunile de interes mărită.
Chiar dacă CESE nu a fost conceput pentru a fi un instrument de analiză a datelor, puteti genera relații curent-tensiune (I-Vs) și se calculează parametrii statistici pentru un anumit semnal în cadrul programului. Puteți exporta datele dvs. pentru a ASCII, Axon fisier text (ATF), și formate NetCDF să continue analiza in pachetul tau preferat.
Dezvoltatorii CESE
CESE a fost creat de la zero pentru a încorpora cele mai bune practici de programare disponibile pentru dezvoltatori Java, atât în termeni de coerență interfață cu utilizatorul și codul claritate și reutilizarea. Ori de câte ori este posibil, CESE se bazează pe API-uri Java disponibile (de exemplu Java2D, JavaBeans, JAXP) pentru a simplifica codul.
Crearea modelului necesită un număr de funcții casei de menținere a fi codificate și # 65533; acestea includ integratori ODE, rutine de manipulare parametrilor modelului, economisind / restaurare model de stat, vizualizarea rezultatelor de simulare, etc. CESE va ofera implementare pentru aceste rutine, prin urmare, vă puteți concentra asupra scris codul de curent ionic beton (e), și CESE se va ocupa de restul.
CESE nu este încercarea de a crea cadre de programare complicate pe cont & # 65533 de; mai degrabă, se utilizează baza API-uri Java. De exemplu, modelele sunt componente Java conforme cu caietul de sarcini JavaBeans. Folosim XML pentru a specifica comenzi de prindere, și Java obiect serializarea pentru a salva / restaura parametrii modelului.
Ce este nou în această versiune:
Comentariile nu a fost găsit