CodonW este un program conceput pentru a simplifica analiza multivariată (analiza corespondenței) de utilizare codon și aminoacizi. Se calculează, de asemenea, indicii standard de utilizare a codonului. Ea are atât de meniu și interfețe de linie de comandă.
Proiectul CodonW a fost scris de John Peden în laboratorul de Paul Sharp, Departamentul de Genetica, Universitatea din Nottingham. John lucreaza in genetica umana si este in prezent angajat ca manager de baze de date ProCardis la WTCHG din Universitatea Oxford.
Iată câteva caracteristici cheie ale "CodonW":
· Scris în ANSI compatibil C
· Meniul condus
· Numărul extinsă de opțiuni de linie de comandă
· Codul genetic independent
· Nu există limite cu privire la
1. numărul de secvențe
Lungimea 2. secvență
· Calculează indicii de utilizare codon
Indicele adaptare Codon: 1. CAI
2. Fop: Frecvența codoni optime
3. Nc: numărul efectiv de codoni
4. CBI: Codon Bias Index
· Calculează indici de aminoacizi
Scorul 1. Gravy
2. aromaticitate
· Calculează analiza corespondență
1. Codon Utilizare
2. RSCU (utilizarea relativă codon sinonim)
3. Amino utilizare acidului
· Analiza Corespondența
1. poate include / exclude codonii / aminoacizi
2. poate genera rapoarte detaliate ale tendințelor
3. încercări de a identifica în mod automat codoni optimi
4. pot permite date suplimentare seturi pentru a fi adăugate
5. înregistrează orice număr de tendințe
· Calculează parametri de gene
Lungimea 1. Gene
2. GC, GC3s și poziția codon specific G + C
3. Compoziția dinucleotid (în toate cele trei cadre codon)
4. amino acizi utilizare
5. Utilizarea relativă de aminoacizi
6. utilizarea codonului
7. relativă utilizarea codonului Sinonim
· Poate traduce conceptual secvențe de proteine
· Reformatează datele secvență
· Human sau mașină de ieșire poate fi citit
· Poate înlănțui gene (păstrând în același timp cadrul de citire) pentru a calcula
1. Utilizarea globală codonului
Conținutul 2. GC
Compoziția 3. dinucleotid
· Generează mese de codon, aminoacizi, sau utilizarea RSCU
· Poate ajuta chiar să înveți codul genetic.
· Și mai
Comentariile nu a fost găsit