GAMGI

GAMGI este un proiect open source și complet gratuit, conceput de la început pentru a fi folosit pentru crearea și analizarea structurilor atomice. Dispune de o interfață grafică de utilizator care este simplă, curată, ușor de utilizat și puternică.

Sprijină o gamă largă de structuri atomice
Aplicația acceptă o gamă largă de structuri atomice, cum ar fi cristalele, moleculele, lichidele și ochelarii. Acesta susține, de asemenea, cele 230 de grupuri de spațiu cristalografic și poate fi folosit pentru a efectua analiza 3D Voronoi și simetria punctului.

Suporta mai multe tipuri de obiecte

GAMGI acceptă multe tipuri de obiecte, inclusiv Text, Orbital, Bond, Atom, Direcție, Plan, Grup, Molecule, Cluster, Celulă, Arrow, Formă, Grafică, Adunare, Lumină, Strat și Fereastră. În plus, programul oferă un control maxim asupra obiectelor de nivel inferior ca atomi.

Build Random Close Structuri de ambalare

Printre alte caracteristici se poate menționa abilitatea de a construi structuri RCP (Random Close Packing), cristale pentru orice grup spațial de simetrie, precum și coordonarea polyhedra și Voronoi pentru structuri aleatorii. De asemenea, poate determina orice grup de puncte de simetrie.

Vine cu o documentație cuprinzătoare

O altă caracteristică interesantă este capacitatea de a efectua acțiuni într-o listă de obiecte sau un singur obiect care a fost evidențiat anterior. Acesta conține o documentație cuprinzătoare și date atomice, inclusiv date izotopice și raze ionice. În plus, software-ul poate manipula o mulțime de ferestre independente, lumini, inclusiv spoturi, direcții și poziționare, straturi cu vizibilități diferite, referențiale, ferestre de vizualizare sau proiecții, precum și fonturi text 3D care pot fi atrasă sau extrudate. >
Poate fi folosit în școli și universități

Aplicația GAMGI poate fi folosită și în școli și universități pentru a preda structura atomică a materiei. Este instrumentul perfect pentru oamenii de știință care lucrează în modelarea atomică, precum și pentru cei care au nevoie de o aplicație open source pentru a studia structurile atomice și pentru a pregăti imagini pentru prezentările lor. în această versiune:

• Actualizat Ajutor- & gt; Fișiere de configurare pentru obiecte Lumină și Atom.
• Arbori sincronizați gamgi-g și gamgi-x.
• Actualizată gamgi_expat_import_object: importarea datelor obiectului Cell în fișierele XML cu noile reguli de configurare ar trebui să funcționeze bine.
• Actualizat gamgi_expat_export_object: exportarea datelor obiectului celular în fișierele XML cu noile reguli de configurare funcționează acum.
• În modurile Cell- & gt; Creare și Cell- & gt; Modificați, vectorii de origine și Axele sunt acum actualizate automat pentru opțiunile implicite (convenționale sau primitive) atunci când modificările modelului.
• Înlocuit celulă-> granițe = FALSE cu celulă-> granițe = GAMGI_PHYS_NONE, în motor, gtk, expat și codul mesa.
• Actualizat la gamgi_expat_export_config: exportarea datelor de configurare a celulelor în fișiere XML funcționează acum
• Actualizat la gamgi_expat_import_config: Importarea datelor de configurare a celulelor din fișiere XML funcționează acum
• Îmbunătățiți dialogul Cell & Config, pentru a gestiona și valorile implicite pentru modele, fronturi, fețe și noduri.
• Dialoguri de redesignare Object-> Config: Datele Config sunt acum separate în datele implicite (în paginile cu aceleași nume ca în Object-> Create dialoguri) și date globale (aplicând tuturor obiectelor, nou), în pagina globală (ultimul) a notebook-ului. Dialogurile afectate: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Implementat dialogul de dialog și infrastructura Cell & Config. Dimensiunea liniilor de granulație a celulelor, a punctelor nodurilor și a axelor vectoriale poate fi acum setată global pentru toate celulele din GAMGI, o caracteristică foarte necesară. Valorile implicite pentru utilizarea culorilor și a axelor au fost, de asemenea, stabilite.
• A fost rezolvată o problemă în gamgi_gtk_bond_create: culoarea setată în static_init a ignorat datele config anterioare.
• A fost rezolvată o problemă în gamgi_mesa_draw_pick și gamgi_mesa_draw_grab: Lățimea punctului de redare a celulei a fost setată la lățimea liniei în loc de lățimea punctului.

Ce este nou în versiune:

• A fost corectată o greșeală introdusă: nu putem dezactiva vizibilitatea GDK după eliminarea unui context GL. Doar am eliminat acest cod. Se pare că GTK face acest lucru atunci când widgetul este distrus.
• Îmbunătățită gamgi_gtk_area.c, folosită în versiunea X a GAMGI, care înlocuiește biblioteca GTKGLExt prin propriul cod bazat pe GLX. Javier Cabezas a porționat acest cod GTK 3 și funcționează bine! Înapoi modificările portate, astfel încât diferențele dintre codul pentru GTK 2 și GTK 3 sunt absolut minime.
• Nu putem folosi r, g, b culori din cauza axelor a, b, c.
• Amenajare îmbunătățită a axelor în ferestrele Orbital-> Creare și orbitală-> Modificați dialogurile.
• Modul de etichetare modificat la Domeniul de aplicare în Orbital-> Creare și orbitală-> Modificați și modificați interfața de ajutor în consecință.
• S-a verificat toate paginile de documentare a formatelor de ajutor.
• Documentația de ajutor actualizată pentru formatele de cluster.
• grupurile de vopsele de tip "cluster" nu mai sunt terminate cu zero.
• Ramuri sincronizate gamgi și gamgi_exp.
• În fișiere XML, în elemente de grup, tipul de atribut înlocuit prin referință.
• Documentația Ajutor actualizată pentru formatele de plan și direcție.
• Documentația de ajutor actualizată pentru interfețele și formatele de grup.
• Reînnoit marca comercială UE GAMGI până în 2024.
• S-a actualizat licența pentru codul sursă și documentația pentru GPL v3.
• Început folosind sha256sum pentru a controla toate fișierele de distribuție.
• Reînnoit înregistrarea numelui de domeniu gamgi.org până în anul 2020.

Ce este nou în versiunea 0.17:

• A fost rezolvată o eroare de tip makefile (introdusă în gamgi0.15.6) din ramura GAMGI care nu necesită biblioteca GtkGlExt: make_rules conține dependențe gtkglext care nu ar trebui să fie acolo.
• Avioane, Direcțiile pot fi acum selectate prin rețeaua de proiecție: Wulff sau Schmidt.
• Cod de sincronizare, documentație și fișiere de date între arborii de distribuție gamgi și gamgi_exp.
• Fișiere XML verificate dat / orbital pentru a actualiza atributele axelor orbitale.
• S-au verificat toate fișierele cu date / XML pentru a înlocui tipul de atribut prin etichetă, în elemente de atom.
• S-a verificat toate fișierele cu date / XML pentru a înlocui tipul de atribut după model, în plan, direcție, elemente celulare.
• De dragul consecvenței, a fost înlocuită în mod global proiecția numelui prin net în direcția și codul planului și elementele XML.
• Din motive de coerență, a fost înlocuit în mod global tipul de model după model în celulă, plan, codul de direcție și elementele XML.
• Modificați eticheta Tip la Model în celulele & gt; Creare și Modificarea celulei & gt;
• Metoda de etichetare modificată pentru a scrie în Bond-> Creare.
• Actualizată documentație Ajutor- & gt; Formate pentru obiectele XML de plan și direcție.
• Actualizare Ajutor- & gt; Documentație interfață pentru tip și proiecție în planuri- & gt; Creare, Plane- & gt; Modificare, Direcție- & gt; Creare, Direcție- & gt; Modificați.
• Temperatura atomică Debye-Waller poate acum să ia valori numai între 0.0 (albastru) și 100.0 (roșu), așa cum este de obicei în această analiză.
• Actualizată documentația interfețelor și formatelor pentru obiectele Bond.
• Fixat temperatura atomică Debye-Waller implicită: noua valoare este 0.0, corespunzătoare unui atom cu o poziție bine cunoscută.
• Actualizată documentația Formate pentru obiectele Atom și Cell.
• Ajutor-> Curent și Ajutor-> Topic poate citi acum documentația pentru Orbital-> Modificați.
• Scrierea documentației pentru Orbital-> Modificați.
• Documentația actualizată pentru Orbital-> Creare.
• Axele orbitale sunt tratate acum într-un mod mult mai simplu, în fișierele Orbital-> Creare, Orbital-> Modificați și XML native.
• Orbital-> Selectarea funcționează acum pentru toate opțiunile, inclusiv numeroasele proprietăți care pot fi utilizate pentru selectarea orbitalilor.
• Simplificați ușor funcțiile gamgi_gtk_select _ * .c.
• Fixați două bug-uri în codul H orbitals introdus în GAMGI 0.16.6: 1) termenii rho ** L (de la polinomi Laguerre) și 1 / r ** L (din funcțiile Legendre) , în afară de o constantă care lipsea. 2) calculul razei implicite a fost lipsit de termenul rho ** L.
• Liste de avioane pot fi selectate acum după model: Poligon, Pole, Trace, Vector.
• Listele de direcții pot fi selectate în funcție de model: Linie, Pole, Trasare.

Ce este nou în versiunea 0.16.8:

• În proiecțiile stereografice, a crescut ușor înălțimea z în bitmap-uri pol (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), astfel încât acestea să apară mereu deasupra urmele. Acest lucru stabilește o problemă vizuală, dar, de asemenea, face mult mai ușor să selectați poli cu urme în jur, deoarece culorile sunt acum clar separate.
• Fragmente de coduri de sincronizare gamgi și gamgi_exp.
• Actualizată static_press în Plane-> Modificați și Direcyion- & gt; Modificați, astfel încât numele obiectului nu este suprascris prin setarea automată a numelui.
• Modificarea automată a numelui în Plane-> Modificare și Direcție- & gt; Modificați-o acum, pentru planurile cristalografice, direcții.
• S-a găsit și a eliminat o eroare în Plane-> Creare și Direcție- & gt; Creează: în unele cazuri, numele obiectului indicat de utilizator a fost ignorat.
• S-a găsit și a înlăturat o eroare gravă în Plane-> Creare și direcție- & gt; Creare: după crearea planurilor / direcțiilor utilizând listele create anterior cu dialogul de nivel al listei de nivel, acestea nu au fost resetate corespunzător. În anumite situații, acest lucru ar putea să-l prăbușească pe GAMGI.
• S-a găsit și a eliminat o eroare în Plane-> Creare și Direcție- & gt; Creează: Pole și Trace nu au fost create simultan, atunci când este necesar, doar unul câteodată.
• Orbital-> Select este acum de lucru. Listele orbitalilor pot fi copiate, legate, selectate, modificate, eliminate, ca și în cazul altor obiecte.
• Fragmente de coduri de sincronizare gamgi și gamgi_exp.
• Fixed Cell- & gt; Link: funcționează (din nou) pentru liste de celule, în Object (deasupra și dedesubt), Crystal și Random.
• S-a găsit și a eliminat o eroare simplă, dar serioasă: când au fost deschise mai multe ferestre și o listă de obiecte a fost activă și selectată ca obiect curent, Resetare (dar nu Exit)
• Celula-> Link Random (RCP) nu a funcționat: înlocuită cu codul mai vechi. Cell-> Link necesită mai multă muncă.
• Compilarea din nou cu flag-O3.
• S-a rezolvat o eroare serioasă în toate dialogurile Object-> selectare, în metoda Regiune: atunci când dreptunghiul de eșantionare nu era complet în aria grafică, unele dintre culorile eșantionate ar fi nedefinite și GAMGI s-ar prăbuși când apăsați Ok. Accidentele au fost detectate cu mult timp în urmă, dar cauza a fost necunoscută până acum.

Ce este nou în versiunea 0.16.7:

• Arbori de date sincronizați gamgi / dat și gamgi_exp / dat.
• Copacii de sincronizare gamgi / doc și gamgi_exp / doc.
• Arbori de coduri sincronizați gamgi / src și gamgi_exp / src.
• S-au fixat mai multe erori GUI în Orbital-> Modificați.
• Fixed Orbital- & gt; Modificați accidentele: orbitalul & puncte trebuie resetat la 0.
• www.gamgi.org și ftp.gamgi.org sunt acum deservite de un VM găzduit la centrul IT de la Universitatea Lisboa. Sperăm că aceasta înseamnă conexiuni mai fiabile și mai puțin timp în jos.
• Modificarea automată a numelui în Orbital-> Modificați funcționează bine acum.
• Modificarea automată a numelui în Atom-> Modificați funcționează bine acum.
• Modificarea automată a numelui implementată în Atom- & gt; Modificați.
• Modificarea automată a numelui implementată în Orbital-> Modificați.
• Orbital- & gt; Modify lucrează acum pentru orbitale simple. Liste de orbite ar trebui să funcționeze în următoarea versiune.
• Traducerea, Rotarea, lucrează acum bine pentru Orbital-> Modificați.
• static_apply for Orbital- & gt; Modificarea este în mare parte făcută.
• Static_grab finalizat pentru Orbital- & gt; Modificați.
• Au fost adăugate static_ok_global și static_ok_local pentru Orbital-> Modificați.
• Static_press finalizat pentru Orbital-> Modificați.
• Comportamentul GUI pentru Orbital-> Modificați este aproape finalizat.
• A început să lucreze la Orbital-> Modificați și orbital-> Selectați.
• S-au actualizat gamgi_mesa_pick.c și gamgi_mesa_grab.c pentru a lua în considerare reprezentările solide ale orbitalilor.
• S-a rezolvat o eroare mică în codul de desenare a axelor orbitale.
• Polinomii Laguerre au un factor r ** L (L = număr cuantic angular) care anulează exact cu factorul 1 / r ** L al funcțiilor Legendre, astfel încât descrierile matematice ale orbitalilor H devin mult mai simple! Mulțumită lui Jose Luis Martins pentru că m-ai arătat la asta! Pentru astfel de densități de probabilitate scăzute (1E-6), problemele numerice sunt atât de sensibile încât reprezentările vizuale orbitale diferă puțin, chiar și pentru L = 1, după această simplificare.

Ce este nou în versiunea 0.16.6:

• Arborii sincronizați gamgi / dat și gamgi_exp / dat.
• Arbori de cod sursă sincronizați gamgi / src și gamgi_exp / src.
• S-au adăugat capturi de ecran care prezintă noile reprezentări pentru orbite.
• S-a mărit ușor precizia theta, phi la determinarea razei de eșantionare implicită orbitală: testată împotriva orbitalului (6hy5).
• Codul defectat pentru a efectua interpolarea semnalului în orbite solide. Lucrează bine acum! Acesta a fost cu adevărat ultimul obstacol în a avea o reprezentare orbitală de clasă mondială în GAMGI! Timp pentru capturi de ecran! In viitor vom incerca sa reducem numarul de noduri, normale si triunghiuri, si putem implementa umbrirea Gorauld, dar niciuna din acestea nu va schimba capabilitatile stiintifice si vizuale ale modelului nostru actual. Un pahar de Port pentru a sărbători!
• a implementat o metodă pentru a realiza interpolarea semnalelor în orbitali solizi, pentru a rezolva problema de inaccuracy de schimbare a semnalului descoperită mai devreme.
• Codul a fost curățat în gamgi_chem_orbital.c și gamgi_chem_orbital.h.
• A fost corectată o eroare: densitatea probabilității orbitală nu a fost exportată în mod corespunzător la fișiere XML.
• Axele orbitale sunt acum mai simple de utilizat și au mai multe opțiuni.
• Codul de semnal funcționează acum: orbitele 3D arată foarte fantastic, dar codul de semnal trebuie să fie rafinat, deoarece lipsa de interpolare are drept rezultat prea mult zgomot vizual când semnalul se schimbă.
• Fixat codul pentru a schimba triunghiurile pozitive și negare.
• Fixați codul de interpolare a semnalului în static_edge.
• S-a rezolvat o problemă de interpolare legată de efectul de ceapă isosurface orbital: fracție de forță în intervalul [0,1].
• Orientare orbitală fixă ​​pe muchia solidă: aceasta este necesară pentru interpolarea exactă.
• Lucruri numerice fixe: doar un bug care desparte cuburile (ca într-o placă de șah 3D). Arată minunat acum!
• Depanarea codului 3D orbital solid, se pare că funcționează bine, cu unele inaccurații numerice în suprafață.

Ce este nou în versiunea 0.16.5:

• Obiectele orbitale pot fi acum exportate, importate în GAMGI native fișiere XML. Înlocuirea rutinei recurente static_outside printr-o versiune de buclă și stivă, eliminând astfel o strangulare critică în codul orbital solid. Pierderi de memorii fixe în codul GTK, erori de sintax în selectarea obiectului după culoare, avertismente datorate variabilelor nefolosite etc.

Ce este nou în versiunea 0.16.4:

• Ramurile sursă de sincronizare gamgi și gamgi_exp.
• Actualizată make_local, pentru a include căile: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / includ, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / de către Ubuntu.
• S-a rezolvat o eroare în noul cod orbital solid: testul de lungime r are sens în reprezentarea prin cablu, dar nu și pe cel solid!
• Noul cod recursiv funcționează pentru matrice de biți de 160x160x160, în cel mai rău caz.
• Codul recursiv pentru a găsi suprafețe exterioare se prăbușește pentru rețelele de biți mai mari de 50x50x50. Căutăm o alternativă pentru buclă.
• Codul orbital: Interpolarea funcției de undă pentru a produce reprezentarea bazată pe triunghiuri funcționează foarte bine.
• Efectuarea solidă 2D a suprafețelor plane în orbitali pe bază de H este acum bine testată și funcționează bine! Acest lucru este esențial pentru a construi o reprezentare octant a acestor orbite, unde utilizatorii pot alege care octane să arate.
• Au fost adăugate oglinzi noi, http://atom.ist.utl.pt și ftp://atom.ist.utl.pt, pentru a găzdui în viitor gamgi.org.
• S-a adăugat o structură și fișiere cu informații frumoase pentru beta-cuarț cu temperatură înaltă, beta-cristobalit și beta-trydimit.
• a implementat o nouă oglindă: http://gamgi.ist.utl.pt/ sau http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Simplificarea modului în care sunt selectate octanele H-orbital în modul cablat.
• Pentru fiecare octan H orbital, a scris codul topologic pentru a construi toate triunghiurile necesare pentru a descrie isosuprafața 3D exterioară (algoritmul cu tetracuburi), plus limitele interne 2D de octan.
• Pentru fiecare octan H orbital, a scris și testat codul matricei de biți necesare pentru a elimina suprafețele interioare și pentru a arăta numai cel exterior.
• Simplificarea codului binar octant în gamgi_chem_orbital.c.

Ce este nou în versiunea 0.16.3:

• Lizibilitate îmbunătățită în toate dialogurile Object-> Copiere.
• Documentația adăugată pentru Orbital-> Creare, Orbital-> Copiere, Orbital-> Link și Orbital-> Eliminare.
• Ajutoare actualizate- & gt; Curentă și Ajutor- & gt; Subiect de alocare Orbital- & gt; Creare, Orbital-> Copiere, Orbital-> Link, Orbital- & Eliminare
• Arbori sincronizați gamgi și gamgi_exp.
• Orbital- & gt; Linia funcționează acum bine (liste de orbite care nu au fost încă implementate).
• S-a rezolvat o eroare în toate fișierele link_object.html, rezultând un mesaj de eroare GAMGI când subsistemul de ajutor a încercat să deschidă unul dintre aceste fișiere.
• Orbital- & gt; Copia funcționează acum bine (liste de orbite nu au fost încă implementate).
• Orbital-> Eliminați acum funcționează bine (listele de orbite nu au fost încă implementate).
• Începeți să construiți dialogurile Orbital-> Copiere, Orbital-> Link și Orbital-> Eliminare.
• Layout-ul Octante, în dialogul Orbital-> Creare, este mult mai intuitiv acum.

Ce este nou în versiunea 0.16.2:

• Versiunile sincronizate gamgi / (cu GtkGLExt) și gamgi_exp / (cu GLX).
• Oțeturile de volum de filtrare funcționează acum pentru orbitele H.
• Căutarea finalizată pentru cele mai bune valori implicite pentru orbitele bazate pe H. Densitatea prestabilită este 1E-6, care este necesară pentru a afișa toate regiunile în orbitalul 6s. Punctele sunt 50000 x n, ceea ce reprezintă un compromis rezonabil. Raza implicită se calculează scanând de la ultimul maxim în densitatea radială f2r2, plus o lungime minimă de 2,0, până când densitatea maximă (căutarea pe theta, phi) devine mai mică decât densitatea implicită.
• Îmbunătățit, reproiectat dialogul Orbital-> Creare.
• orbitalii lucrează acum bine în Gamgi. Privind acum pentru cele mai bune valori implicite.
• A fost adăugat tot codul necesar pentru a construi și a face H orbitale.
• Codul orbital H optimizat pentru viteză.
• Pentru toate orbitele bazate pe hidrogen de la n = 1 la 6, s-au calculat distanțele pentru polinomia maximă radială.
• Pentru toate orbitele bazate pe hidrogen de la n = 1 la 6, se calculează distanțele pentru zerouri radinale polinomice.
• Obiectele orbitale pot fi acum create, scalate (în jurul centrului curent), mutate, rotite, ca orice alt obiect Gamgi.
• Completați dialogul Orbital-> Creați pentru a construi orbite pe bază de hidrogen.
• Scrierea codului motorului grafic pentru a face orbali pe bază de hidrogen în mod punctat.
• Adăugat și testat orbitele pe bază de hidrogen s, p, d, f, g, h pentru n = 6, în coordonate cartezian x, y, z.

Cerințe :

• GTK +