Ghemical

Ghemical este un pachet software de chimie computațională, distribuit sub GNU GPL. Aceasta înseamnă că codul sursă complet al pachetului este disponibil, iar utilizatorii sunt liberi să studieze și modifice pachetul. Ghemical este scris în C ++.
Proiectul Ghemical are o interfață grafică de utilizator (care se bazează pe GNOME), și suportă atât cuantică-mecanica (semi-empirice și ab initio) și modele mecanica moleculare (există un Tripos câmpul experimental vigoare 5.2-ca pentru molecu organic asemenea un instrument pentru modelele reduse de proteine ​​[1] este inclus. optimizarea geometrie, dinamica moleculara si un set mare de instrumente de vizualizare sunt disponibile în prezent.
Ghemical se bazeaza pe cod extern pentru a oferi calculele cuantice-mecanice. Metodele semi-empirice MNDO, MINDO / 3, AM1 și PM3 provin din pachetul MOPAC7 (Public Domain), și sunt incluse în distribuția sursă.
Pachetul MPQC (GNU GPL) este folosit pentru a furniza ab initio metode: metode bazate pe teoria Hartree-Fock sunt suportate de seturi de bază de la STO-3G pentru a 6-31G **.
Codul MPQC nu este inclusă în distribuția sursă. În scopul de a utiliza ab initio MPQC pe bază de metode in Ghemical, trebuie să compilați mai întâi și să instalați programul MPQC pentru sistemul dvs., și apoi compila Ghemical utilizarea unor setări specifice care se leagă programele împreună; consultați fișierul INSTALL pentru mai multe informații. Ghemical conține, de asemenea, pachetul de OpenBabel pentru importul și exportul de multe formate de fișiere diferite (precum si alte sarcini).
Instalare
Odată ce ați descărcat cea mai recentă versiune, trebuie să extrage toate fișierele din fișierul arhivă utilizând "tar -zxvvf ghemical-1.00.tgz" sau echivalent "gunzip ghemical-1.00.tgz; tar -xvvf ghemical-1.00.tar". După aceea vă rugăm să citiți "Instalare" -file doar extras pentru a obține informații suplimentare.
Ce este nou în această versiune: