tapir

tapir este un instrument Python care conține programe pentru a estima și complot informativeness filogenetice pentru seturi de date de mari dimensiuni.
tapir Citând
Când utilizați tapir, vă rugăm să cita:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir permite analiza de mare tranziteaza de informativeness filogenetic.
- Townsend JP: profilare informativeness filogenetice. Biol sistematic. 2007 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: HyPhy: Ipoteza de testare folosind filogeniile. Bioinformatica 2005, 21: 676-679.
Instalare
Pentru moment, cel mai simplu mod de a instala programul este:
git git clone: ​​//github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / to / tapir
Pentru a rula teste:
cd / calea / catre / tapir /
încercare python / test_townsend_code.py
Utilizați
Codul estimate_p_i.py numește un fișier batch pentru hyphy care este în șabloane /. Acest fișier trebuie să fie în aceleași poziții unul față de oriunde te-ai pune estimate_p_i.py. Dacă instalați subtiaza ca mai sus, vei fi bine, pentru moment.
A alerga:
cd / calea / catre / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - ieșire Output_Directory
& Nbsp; - epoci = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ori = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocesare
--multiprocessing este opțională, fără ea, fiecare locus va fi rulat consecutiv.
Dacă ați rulat deja rezultatele de mai sus și salvate în folderul de ieșire (a se vedea mai jos), puteți utiliza înregistrările site-ul rata de pre-existente, mai degrabă decât estimarea cele din nou cu:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - ieșire Output_Directory
& Nbsp; - epoci = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ori = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocesare
& Nbsp; - site-ul tarife
Rezultate
tapir scrie rezultatele într-o bază de date sqlite în directorul de ieșire de alegerea ta. Acest director detine, de asemenea, fișiere Evaluează site-ul în format JSON pentru fiecare locus trecut prin tapir_compute.py.
Puteți accesa rezultatele in baza de date, după cum urmează. Pentru mai multe exemple, inclusiv plotare, consultați documentația
- Manie up sqlite:
& Nbsp; SQLite3 Output_Directory / filogenetic-informativeness.sqlite
- Obține date integrale pentru toate epocile:
& Nbsp; select loc, interval, pi de loci, interval în care loci.id = interval.id
- Obține date complete pentru o anumită epocă:
& Nbsp; select loc, interval, pi de loci, interval
& Nbsp; în cazul în care intervalul = '95 -105 'și loci.id = interval.id;
- Obține numărul de loci cu max (PI) la diferite epoci:
& Nbsp; a crea max tabel temporar ca select id, max (pi), ca max de grup interval de id;
& Nbsp; a crea tabelul t temporar ca select interval.id, interval, max la interval, max
& Nbsp; în cazul în care interval.pi = max.max;
& Nbsp; a selecta interval, numărul (*) de la t grupa de interval;
Mulțumiri
Mulțumim Francesc Lopez-Giraldez și Jeffrey Townsend pentru a ne oferi o copie a codului sursă web-aplicație. . BCF mulțumiri S Hubbell și P Gowaty

Cerințe :

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (vă rugăm să descărcați sau de a construi o singur fir hyphy2)