picme

picme este un pachet care conține programe Python pentru a estima și complot informativeness filogenetice pentru seturi de date de mari dimensiuni.
Instalare
Pentru moment, cel mai simplu mod de a instala programul este:
git git clone: ​​//github.com/faircloth-lab/picme.git / path / to / picme
Pentru a rula teste:
cd / calea / catre / picme /
încercare python / test_townsend_code.py
Utilizați
Codul estimate_p_i.py numește un fișier batch pentru hyphy care este în șabloane /. Acest fișier trebuie să fie în aceleași poziții unul față de oriunde te-ai pune estimate_p_i.py. Dacă instalați subtiaza ca mai sus, vei fi bine, pentru moment.
A alerga:
cd / calea / catre / picme /
python picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - ieșire Output_Directory
& Nbsp; - epoci = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ori = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocesare
--multiprocessing este opțională, fără ea, fiecare locus va fi rulat consecutiv.
Dacă ați rulat deja rezultatele de mai sus și salvate în folderul de ieșire (a se vedea mai jos), puteți utiliza înregistrările site-ul rata de pre-existente, mai degrabă decât estimarea cele din nou cu:
python picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - ieșire Output_Directory
& Nbsp; - epoci = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ori = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocesare
& Nbsp; - site-ul tarife
Rezultate
picme scrie rezultatele într-o bază de date sqlite în directorul de ieșire de alegerea ta. Acest director detine, de asemenea, fișiere Evaluează site-ul în format JSON pentru fiecare locus trecut prin picme_compute.py.
Puteți accesa rezultatele in baza de date, după cum urmează. Pentru mai multe exemple, inclusiv plotare, consultați documentația
- Manie up sqlite:
& Nbsp; SQLite3 Output_Directory / filogenetic-informativeness.sqlite
- Obține date integrale pentru toate epocile:
& Nbsp; select loc, interval, pi de loci, interval în care loci.id = interval.id
- Obține date complete pentru o anumită epocă:
& Nbsp; select loc, interval, pi de loci, interval
& Nbsp; în cazul în care intervalul = '95 -105 'și loci.id = interval.id;
- Obține numărul de loci cu max (PI) la diferite epoci:
& Nbsp; a crea max tabel temporar ca select id, max (pi), ca max de grup interval de id;
& Nbsp; a crea tabelul t temporar ca select interval.id, interval, max la interval, max
& Nbsp; în cazul în care interval.pi = max.max;
& Nbsp; a selecta interval, numărul (*) de la t grupa de interval;
Citând picme
Când utilizați picme, vă rugăm să cita:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: picme permite analiza de mare tranziteaza de informativeness filogenetic.
- Townsend JP: profilare informativeness filogenetice. Biol sistematic. 2007 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: HyPhy: Ipoteza de testare folosind filogeniile. Bioinformatica 2005, 21: 676-679.

Cerințe :

• Python
• hyphy2
• NumPy
• SciPy
• DendroPy