Genepidgin este o suită de instrumente Python care ajuta la evaluare și atribuire de gene nume de produse & nbsp; Există trei componente principale.:genepidgin * curat *& Nbsp; standardizează nume de gene pe orientări de numire UNIPROTgenepidgin * *...
PAȘI este un pachet de simulare stocastică exacta pentru sisteme de reacție difuzie în geometrii complexe 3D arbitrar. Algoritmul nostru de simulare de bază este o implementare a SSA Gillespie, a extins pentru a face față difuzia de molecule peste...
TRMiner este un utilitar Python care vizează curatori de date științifice. & Nbsp; permite să prune rapid colecții mari de publicații științifice la Exemple relevante pentru un scop minerit dat.Acest lucru se realizează în două etape. În primul rând,...
Sistemul Benchmark Bioinformatica este o încercare de a construi un cadru rezonabil de testare, teste, iar datele, pentru a permite utilizatorilor finali și furnizorii pentru a sonda performanțele sistemelor lor.Ceea ce încercăm să facem este de a crea un...
Staden Pachetul este un set complet dezvoltat de asamblare secvență ADN (Gap4), editarea și instrumente de analiză a (Spin) pentru Unix, Linux, MacOSX și MS Windows.Pe frontul Gap4 au fost aderarea legate de mai multe minoreîmbunătățiri în modul în care...
arem este un bazat pe MACS (bazat pe analiza Model de date CHIP Seq).Secventiere-tranziteaza mare cuplat cu precipitații imuno cromatinei (Chip-Seq) este utilizat pe scară largă în caracterizarea genomului la nivel modele de legare de factori de...
seriesoftubes este o rețea de conducte extins pentru Solexa date CHIP-seq.Pachet de documente Cerințe : ...
MetagenomeDB este o bibliotecă Python proiectat pentru a stoca cu ușurință, prelua și adnota secvențe metagenomic. & Nbsp; MetagenomeDB acționează ca un strat de abstractizare pe partea de sus a unei baze de date MongoDB. Acesta oferă un API pentru a crea...
Seal este un modul Python care prevede alinierea secvență pe Hadoop.Seal este o aplicație de MapReduce de aliniere secvență biologic. Se rulează pe Hadoop (http://hadoop.apache.org) prin Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), un Python MapReduce și HDFS...
MISO (Amestec de Izoforme) este un cadru probabilistic scris în Python care cuantifică nivelul de expresie & nbsp; de gene alternativ racordate la date ARN Seq, și identifică izoforme diferențiat reglementate sau exoni peste probe.Prin modelarea...
